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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000859

染色体: Chr07 坐标: 6112241-6115210 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000859
名称SmilChr07G000859
描述peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP20-1
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向6112241 - 6115210 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992035
GeneID130992035
locus_tag-
NCBI NameLOC130992035
原始查询SmilChr07G000859

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP20-1
产物peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP20-1
ArabidopsisAT5G58710 (ROC7)
rotamase CYP 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835985]
identity=90.2; qcov=0.893; evalue=1.49e-122; confidence=high
RiceOs06g0708500 (OsCYP20-1)
-
identity=87.2; qcov=0.956; evalue=5.96e-127; confidence=high
GOGO:0000413 (protein peptidyl-prolyl isomerization); GO:0003755 (peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity); GO:0006457 (protein folding); GO:0043231 (intracellular membrane-bounded organelle)
KEGG-
PfamPF00160 (Pro_isomerase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992035

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057772479.1
2 Endoplasmic reticulum lumen 内质网腔 0.60000 XP_057772479.1
3 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057772479.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772479.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772479.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:6112426 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 67 A11,A16,A18,A23,A7,A9,B1,B101,B102,B104,B108,B109,B11,B112,B115,B123,B132,B136,B139,B15,B19,B20,B22,B23,B3,B30,B32,B35,B41,B44,B53,B58,B61,B63,B64,B66,B69,B7,B73,B80,B81,B83,B89,B91,B93,B94,B99,C15,C19,C29,C3,C32,C33,C41,C42,C48,C5,C55,C59,C6,C68,C7,C71,C77,C80,D10,D7
Chr7:6112510 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr7:6112973 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,B131,B56,B96
Chr7:6113477 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A1,B115,B121,B20,C8
Chr7:6114461 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B110,C3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772479.1
205 aa
N
1
102
205
Pro_isomerase
C
PF00160 Pro_isomerase 39-200 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772479.1 Pfam PF00160 Pro_isomerase Domain 39 200 5.4e-48 163.9 Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916496.1
TTAACACTTGCAAATTTCCTATTAATCTCCTCCCAAGTTTTGGCAATAAATAAATAAAACTAAATCAACAACACACACCTTAATAAGCTACGTGTCGTTAAGCTATTGGTAGAAACCCCATCATATGACGCGAATAGAGAAATTGACCAAAAAAAAAAAAAACGATCACTTCTTAATCATCACTTCTCAGCTCTGTAACTGAAGCTGAACAATATAGATCCTCCGTCAGAGCGGAAATGGCGACAAATCAGAGATTATAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992035
ATGGCGACAAATCAGAGATTATATCTCCTCTTCACTGTGCTGATCTGTCTCAGCTTCGCTCTTGCACAGGCTAAGAAATCGAAGGAAAGTCTGAAAGAAGTAACTCATAAGGTTTACTTTGATGTCGAGATTGATGGCAAACCAGCTGGACGCATCACTATGGGTCTCTTCGGGAAAACTGTTCCCAAGACAGCAGAAAATTTTAGAGCTCTGTGCACAGGTGAGAAAGGTGTTGGAAAACACGGGAAGCCTCTGCATTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772479.1
MATNQRLYLLFTVLICLSFALAQAKKSKESLKEVTHKVYFDVEIDGKPAGRITMGLFGKTVPKTAENFRALCTGEKGVGKHGKPLHYKGSTFHRIIPSFMLQGGDFTLGDGRGGESIYGEKFADENFKIKHTGPGLLSMANAGSDTNGSQFFITTVTTSWLDGRHVVFGKVLSGMDVVYKIEAEGNQSGTPKSKVVIVDSGELPL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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