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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000860

染色体: Chr07 坐标: 6115449-6120190 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000860
名称SmilChr07G000860
描述phosphoinositide phospholipase C 4-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向6115449 - 6120190 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992031
GeneID130992031
locus_tag-
NCBI NameLOC130992031
原始查询SmilChr07G000860

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述phosphoinositide phospholipase C 4-like
产物phosphoinositide phospholipase C 4-like
ArabidopsisAT5G58700 (PLC4)
phosphatidylinositol-speciwc phospholipase C4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835984]
identity=63; qcov=0.98; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0289300 (OsPLC2)
-
identity=60.7; qcov=0.985; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004435 (phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity); GO:0006629 (lipid metabolic process); GO:0048015 (phosphatidylinositol-mediated signaling)
KEGGsmil00562 (Inositol phosphate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04070 (Phosphatidylinositol signaling system - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00168 (C2); PF00387 (PI-PLC-Y); PF00388 (PI-PLC-X); PF09279 (EF-hand_like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992031

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057772472.1
2 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057772472.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057772472.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772472.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772472.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:6115965 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B8
Chr7:6115966 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr7:6116004 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:6116023 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B139,B65,C42
Chr7:6116105 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B133
Chr7:6116404 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B25,B75
Chr7:6116643 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B139,C42
Chr7:6116875 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B34
Chr7:6116947 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr7:6117214 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,B103,B91,C86
Chr7:6117414 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B52,B98,C55,C74,C83
Chr7:6118846 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B3,B91,C15,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772472.1
610 aa
N
1
305
610
EF-hand_like
PI-PLC-X
PI-PLC-Y
C2
C
PF09279 EF-hand_like 26-101 aa PF00388 PI-PLC-X 113-257 aa PF00387 PI-PLC-Y 357-442 aa PF00168 C2 462-563 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772472.1 Pfam PF09279 EF-hand_like Domain 26 101 8.4e-05 23.7 Phosphoinositide-specific phospholipase C, efhand-like
XP_057772472.1 Pfam PF00388 PI-PLC-X Family 113 257 3.7e-51 173.3 Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain
XP_057772472.1 Pfam PF00387 PI-PLC-Y Family 357 442 6.4e-27 94.8 Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain
XP_057772472.1 Pfam PF00168 C2 Domain 462 563 1.4e-16 61.3 C2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916489.1
ATCAATAAACGTTCGAGCTCTAAGCTCTAACATTCTCCATATGCCTCGTTCATGGAGAAAAGTCTACACATATATTGAATTTCTTGTCAACAAATACCGTTACACAACCATTAAAGCTCCCTTTTATGGTAGATGTATTTTAATGAAGTGGAGAAACGAGAAAGTGATGAGTCTCGATGATTATAAAGTAATGGTGACAGGTGTGAAATGGATAGTACAATATCATTATTGTCTGTGTCACTATAATGCCATTGACGCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992031
ATGGGGAGTTACAGGGTGTGCATGTGCTTCACGCGGAAGTTCAGGGTGACGGAGGCGGAGCCGCCGGCCGACGCCAAGGCGGCGTTCCTCAAGTACGCCGACGGCGGGGCCCAGATGTCGGTTGACCAGCTGCGGAGGTTCATGGTGGAGGTCCAGGGCGAGGCGGAGGACGACGCCGCCACCGCCGCCGCCGCGGAGAACATCGTGCAGCAGATCCTCCAGAAGCGCCACCACATTGCCAAGTTCACGCGCCACGCGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772472.1
MGSYRVCMCFTRKFRVTEAEPPADAKAAFLKYADGGAQMSVDQLRRFMVEVQGEAEDDAATAAAAENIVQQILQKRHHIAKFTRHALTLEDFHHYLFSADLNPPMNNKVHQDMTAPLSHFFIFTGHNSYLTGNQLTSDCSDVPIIKALQKGVRVIELDIWPNSSKDDVHVLHGRTVTAPVDLLKCLKSIKEHAFSASPYPVIITLEDHLTHERDLQAKVAQMLSQVFGTMLFYPETDCLKEFPSPEELKHRVIISTKPPK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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