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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000870

染色体: Chr07 坐标: 6234315-6234953 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000870
名称SmilChr07G000870
描述cytochrome P450 711A1-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向6234315 - 6234953 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993756
GeneID130993756
locus_tag-
NCBI NameLOC130993756
原始查询SmilChr07G000870

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cytochrome P450 711A1-like
产物cytochrome P450 711A1-like
ArabidopsisAT2G26170 (CYP711A1)
cytochrome P450, family 711, subfamily A, polypeptide 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817157]
identity=65.1; qcov=1.04; evalue=9.91e-42; confidence=medium
RiceOs01g0701400 (SLB2)
-
identity=67.6; qcov=1.03; evalue=2.07e-41; confidence=medium
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993756

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.40000 XP_057774775.1
2 Peroxisome 过氧化物酶体 0.40000 XP_057774775.1
3 Secreted 分泌到胞外 0.20000 XP_057774775.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774775.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774775.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:6234516 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 24 A14,A19,A2,A8,B106,B119,B31,B33,B49,B60,B78,B79,B91,C29,C36,C37,C4,C45,C55,C60,C64,C66,C78,D5
Chr7:6234953 TG * 1bp_deletion CDS_variant 1 B91

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774775.1
102 aa
N
1
51
102
p450
C
PF00067 p450 5-96 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774775.1 Pfam PF00067 p450 Domain 5 96 4.1e-11 43.1 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918792.1
ATGGTTATATTGACGGCTGGACCGAAAGTGTGGCTGGAACTCGGGGTTCTTGCAAAAGATCCGGTGAACTTCCCAGAGCTGGAGAAGTTCAGGCCAGAGAGGTTCAACCCCGAAGGCGAAGAGGAGAGGAGAAGGCATCCTTACGCCTACATTCCCTTTGGGATCGGGCAGAAGTTCTCATTGCAAGAGATCAAGCTCTCCATGATTCATCTATACAGGAAGTATGTGTTCAGACACTCTCCTCGAGATCTCATGGAGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993756
ATGGTTATATTGACGGCTGGACCGAAAGTGTGGCTGGAACTCGGGGTTCTTGCAAAAGATCCGGTGAACTTCCCAGAGCTGGAGAAGTTCAGGCCAGAGAGGTTCAACCCCGAAGGCGAAGAGGAGAGGAGAAGGCATCCTTACGCCTACATTCCCTTTGGGATCGGGCAGAAGTTCTCATTGCAAGAGATCAAGCTCTCCATGATTCATCTATACAGGAAGTATGTGTTCAGACACTCTCCTCGAGATCTCATGGAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774775.1
MVILTAGPKVWLELGVLAKDPVNFPELEKFRPERFNPEGEEERRRHPYAYIPFGIGQKFSLQEIKLSMIHLYRKYVFRHSPRDLMENPLQLDYGIVLNFRHA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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