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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000872

染色体: Chr07 坐标: 6245831-6249560 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000872
名称SmilChr07G000872
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g30100, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向6245831 - 6249560 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992045
GeneID130992045
locus_tag-
NCBI NameLOC130992045
原始查询SmilChr07G000872

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g30100, chloroplastic
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At2g30100%2C chloroplastic
ArabidopsisAT2G30100 (AT2G30100)
pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817561]
identity=63.6; qcov=0.909; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0353300
-
identity=56.8; qcov=0.802; evalue=3.32e-163; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992045

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057772491.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772491.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772491.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772491.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057772491.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:6246190 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B114,B125,B136,B77,C63
Chr7:6246277 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99
Chr7:6246280 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B111
Chr7:6246379 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C25,C39
Chr7:6246412 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,A3,C33
Chr7:6246413 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,A9,B126,C60
Chr7:6246430 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr7:6246520 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B111
Chr7:6246585 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,B125
Chr7:6246678 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A16,A9,B100,B11
Chr7:6246736 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99
Chr7:6246808 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916508.1
CACACACACTAAACGAGACAAGACATGATTTAGTGCGTGTGTGTATAAAATTACTGTTTTGTAGGCGTATTTTAAGTTTATCCATTGCTGTTCGGTTCTTTACATTTGTTTGCTTCTTTTATTCGTTGAATCGTGTCTCAAAATTAAGCACGCTGCCGATGTCAAGCACCTATTCATCTCCGCAGTCGCTTTCTCTTCACTCCATCACACACATTTTTAACTCAACATTTCATCCCTTATAATCCCAATGTTTGGCTGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992045
ATGGCATCTATTTATGGAATTGCCGCAGTGAGCAACCTGGGTTTGACCCACTGCCCCTCTTCGAAAAACTGCGTCTTTCTCGCGACCCATCATCAGCCCGACAAGCTGAAGCTCCAATCTTGCTCAAGAATCTCATTATTCAAGAGAAGAAGCAATTCTCACGATTCGGGGTTGTTCAAATCTGTTCAATTGGACGTGTACATCACGAGCGACGACGAGAACGAGATGGGCGAAGGGTTCTTCGAGGCGATCGAGGAGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772491.1
MASIYGIAAVSNLGLTHCPSSKNCVFLATHHQPDKLKLQSCSRISLFKRRSNSHDSGLFKSVQLDVYITSDDENEMGEGFFEAIEELERMAREPSDVLEEMNDRLSARELQLVLVYFAQEGRDSWCALEVFEWLKKENKVDKETMELMVSIMCTWVKKLIEERSKVEDVVDLLVDMDCVGLKTSFSMIEKVISLYWEAGEREEAVLFVKEVLRRGISNLDGDKEGNKGGPAGYLAWKMMEEGNYRDAAKFVIHLRECGLK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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