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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000875

染色体: Chr07 坐标: 6259930-6266183 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000875
名称SmilChr07G000875
描述ubiquitin-activating enzyme E1 1
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向6259930 - 6266183 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992049
GeneID130992049
locus_tag-
NCBI NameLOC130992049
原始查询SmilChr07G000875

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ubiquitin-activating enzyme E1 1
产物ubiquitin-activating enzyme E1 1
ArabidopsisAT5G06460 (UBA 2)
ubiquitin activating enzyme 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830534]
identity=78.4; qcov=0.99; evalue=0; confidence=high
RiceOs11g0106400
-
identity=79.3; qcov=0.95; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004839 (ubiquitin activating enzyme activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006511 (ubiquitin-dependent protein catabolic process); GO:0006974 (DNA damage response); GO:0016567 (protein ubiquitination)
KEGGsmil04120 (Ubiquitin mediated proteolysis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00899 (ThiF); PF09358 (E1_UFD); PF10585 (UBA_E1_SCCH); PF16190 (E1_FCCH); PF16191 (E1_4HB)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992049

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057772494.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057772494.1
3 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057772496.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772494.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772494.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:6260325 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B11,B111,B114,D11
Chr7:6260415 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr7:6260451 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C14,C73
Chr7:6260682 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B77,C63
Chr7:6260793 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,A9,B126,B66,C60
Chr7:6260893 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr7:6260911 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr7:6260986 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A24
Chr7:6261043 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B45,C35,C4,D6
Chr7:6261171 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr7:6261184 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B48,D11
Chr7:6261201 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772494.1
1149 aa
N
1
574
1149
ThiF
E1_FCCH
E1_4HB
ThiF
UBA_E1_SCCH
E1_UFD
C
PF00899 ThiF 147-522 aa PF16190 E1_FCCH 321-391 aa PF16191 E1_4HB 392-462 aa PF00899 ThiF 544-1035 aa PF10585 UBA_E1_SCCH 731-984 aa PF09358 E1_UFD 1055-1144 aa
XP_057772496.1
1078 aa
N
1
539
1078
ThiF
E1_FCCH
E1_4HB
ThiF
UBA_E1_SCCH
E1_UFD
C
PF00899 ThiF 76-451 aa PF16190 E1_FCCH 250-320 aa PF16191 E1_4HB 321-391 aa PF00899 ThiF 473-964 aa PF10585 UBA_E1_SCCH 660-913 aa PF09358 E1_UFD 984-1073 aa
XP_057772497.1
1078 aa
N
1
539
1078
ThiF
E1_FCCH
E1_4HB
ThiF
UBA_E1_SCCH
E1_UFD
C
PF00899 ThiF 76-451 aa PF16190 E1_FCCH 250-320 aa PF16191 E1_4HB 321-391 aa PF00899 ThiF 473-964 aa PF10585 UBA_E1_SCCH 660-913 aa PF09358 E1_UFD 984-1073 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772494.1 Pfam PF00899 ThiF Domain 147 522 1.4e-90 303.4 ThiF family
XP_057772494.1 Pfam PF16190 E1_FCCH Domain 321 391 8.4e-29 100.2 Ubiquitin-activating enzyme E1 FCCH domain
XP_057772494.1 Pfam PF16191 E1_4HB Domain 392 462 3.6e-25 88.4 Ubiquitin-activating enzyme E1 four-helix bundle
XP_057772494.1 Pfam PF00899 ThiF Domain 544 1035 1.4e-90 303.4 ThiF family
XP_057772494.1 Pfam PF10585 UBA_E1_SCCH Domain 731 984 1.5e-86 291.1 Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain
XP_057772494.1 Pfam PF09358 E1_UFD Domain 1055 1144 2.4e-25 89.7 Ubiquitin fold domain
XP_057772496.1 Pfam PF00899 ThiF Domain 76 451 1e-90 303.8 ThiF family
XP_057772496.1 Pfam PF16190 E1_FCCH Domain 250 320 7.5e-29 100.3 Ubiquitin-activating enzyme E1 FCCH domain
XP_057772496.1 Pfam PF16191 E1_4HB Domain 321 391 3.3e-25 88.6 Ubiquitin-activating enzyme E1 four-helix bundle
XP_057772496.1 Pfam PF00899 ThiF Domain 473 964 1e-90 303.8 ThiF family
XP_057772496.1 Pfam PF10585 UBA_E1_SCCH Domain 660 913 1.4e-86 291.3 Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain
XP_057772496.1 Pfam PF09358 E1_UFD Domain 984 1073 2.2e-25 89.8 Ubiquitin fold domain
XP_057772497.1 Pfam PF00899 ThiF Domain 76 451 1e-90 303.8 ThiF family
XP_057772497.1 Pfam PF16190 E1_FCCH Domain 250 320 7.5e-29 100.3 Ubiquitin-activating enzyme E1 FCCH domain
XP_057772497.1 Pfam PF16191 E1_4HB Domain 321 391 3.3e-25 88.6 Ubiquitin-activating enzyme E1 four-helix bundle
XP_057772497.1 Pfam PF00899 ThiF Domain 473 964 1e-90 303.8 ThiF family
XP_057772497.1 Pfam PF10585 UBA_E1_SCCH Domain 660 913 1.4e-86 291.3 Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain
XP_057772497.1 Pfam PF09358 E1_UFD Domain 984 1073 2.2e-25 89.8 Ubiquitin fold domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916513.1
TACAACGTTACCCCTTACCGTGATTGCATAAGAAACCTTTTTCAAGTCTTCTCACAGAAAACCCTCTGTTGTATCTCGAATCATCCTTCTCATTTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTACATCTCTCTATATCTCTCGAACATTCCGTCTCTGGTTCCATTCTTTCCTCTCCGAAGCTGTAACCGCTTGTTGCACTATATGCTTCCTAGAAAGAGAGCAGGGGAAGGCGAGGCTGATAACGTAAGTGATTCCGAAAGCGTCAAG...
XM_057916514.1
CCCTTACCGTGATTGCATAAGAAACCTTTTTCAAGTCTTCTCACAGAAAACCCTCTGTTGTATCTCGAATCATCCTTCTCATTTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTACATCTCTCTATATCTCTCGAACATTCCGTCTCTGGTTCCATTCTTTCCTCTCCGAAGCTGTAACCGCAGCTTGTTGCACTATATGCTTCCTAGAAAGAGAGCAGGGGAAGGCGAGGCTGATAACGTAAGTGATTCCGAAAGCGTCAAGAGGCAGCG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130992049
ATGGCTTCACAATACCTAGGAAGAGGGCTTATTATTTTTTCCGTAATTTTCATTACGATTGCGGTAGTGCTACAATCTCCGATCTCGGCCAGATTGTTGTTATACTTGAAGAACCATCTCGATTCTGAATTTCCCAAATATTTTATATATTCTGTGCTGATTTTGGTGGTTTCGATGGGGATTCGGCGTGTTTTTAGCAGCTTGTTGCACTATATGCTTCCTAGAAAGAGAGCAGGGGAAGGCGAGGCTGATAACGTAAG...
LOC130992049
ATGCTTCCTAGAAAGAGAGCAGGGGAAGGCGAGGCTGATAACGTAAGTGATTCCGAAAGCGTCAAGAGGCAGCGCGTCATTTCCTCCACCGAAAACTCCAACAATCAGGCGAAGAACAGCAGCGACGGTGTAGGGAACAGCAACAGCAGCGGAAACTGCAGCGAACCAACAGTCACCGATATGGCGTTTGATGATGGAACCCCGCGCGATATTGACGAGGATCTCCACAGCCGGCAGCTGGCCGTCTACGGGCGAGAGAC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057772494.1
MASQYLGRGLIIFSVIFITIAVVLQSPISARLLLYLKNHLDSEFPKYFIYSVLILVVSMGIRRVFSSLLHYMLPRKRAGEGEADNVSDSESVKRQRVISSTENSNNQAKNSSDGVGNSNSSGNCSEPTVTDMAFDDGTPRDIDEDLHSRQLAVYGRETMRRLFASNVLVSGMQGLGVEIAKNLVLAGVKSVTLHDEGTVELWDMSSNFVFSEKDLGKNRALASVQKLQELNNAVTVLTLTTKLTKEQLSDFQAVVFTDIN...
XP_057772496.1
MLPRKRAGEGEADNVSDSESVKRQRVISSTENSNNQAKNSSDGVGNSNSSGNCSEPTVTDMAFDDGTPRDIDEDLHSRQLAVYGRETMRRLFASNVLVSGMQGLGVEIAKNLVLAGVKSVTLHDEGTVELWDMSSNFVFSEKDLGKNRALASVQKLQELNNAVTVLTLTTKLTKEQLSDFQAVVFTDINLDSAIEFSDYCHNHQPPIAFIKTEVRGLFGSAFCDFGPAFTVFDVDGEEPHTGIIASISNDNPALVACVDD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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