当前解析结果
SmilChr07G000876| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000876 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000876 |
| 描述 | glucan endo-1,3-beta-glucosidase 9 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 6267319 - 6269839 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130992050 |
|---|---|
| GeneID | 130992050 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992050 |
| 原始查询 | SmilChr07G000876 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | glucan endo-1,3-beta-glucosidase 9 |
| 产物 | glucan endo-1%2C3-beta-glucosidase 9 |
| Arabidopsis | AT5G58480 (AT5G58480)O-Glycosyl hydrolases family 17 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835961] identity=64.8; qcov=0.898; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os03g0296500- identity=53.5; qcov=0.894; evalue=1.25e-165; confidence=high |
| GO | GO:0004553 (hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00332 (Glyco_hydro_17); PF07983 (X8) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992050 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.80000 | XP_057772498.1 |
| 2 | Cell wall | 细胞壁 | 0.40000 | XP_057772498.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057772498.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057772498.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057772498.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:6267571 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A10,A9,B126,C60 |
Chr7:6267576 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C25 |
Chr7:6267619 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B2,B46,C78 |
Chr7:6267658 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B37,C71 |
Chr7:6267681 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A24 |
Chr7:6267735 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A25,B71,B88,C62 |
Chr7:6267737 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C14,C73 |
Chr7:6267745 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A7,B125,B81,D3 |
Chr7:6267794 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A21,B101,B85,B99 |
Chr7:6267814 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D4 |
Chr7:6267890 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A7,B125,B81,D3 |
Chr7:6267900 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B118,C42 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772498.1PF00332
Glyco_hydro_17 30-352 aa
PF07983
X8 373-439 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772498.1 |
Pfam | PF00332 |
Glyco_hydro_17 | Domain | 30 | 352 | 2.4e-53 | 182.5 | Glycosyl hydrolases family 17 |
XP_057772498.1 |
Pfam | PF07983 |
X8 | Domain | 373 | 439 | 3e-13 | 50.9 | X8 domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。