当前解析结果
SmilChr07G000893| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000893 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000893 |
| 描述 | exocyst complex component EXO70B1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 6419043 - 6423948 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130992067 |
|---|---|
| GeneID | 130992067 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992067 |
| 原始查询 | SmilChr07G000893 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | exocyst complex component EXO70B1-like |
| 产物 | exocyst complex component EXO70B1-like |
| Arabidopsis | AT5G58430 (EXO70B1)exocyst subunit exo70 family protein B1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835956] identity=65.5; qcov=0.914; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os01g0827500 (OsEXO70B1)- identity=45.6; qcov=0.96; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0000145 (exocyst); GO:0005546 (phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding); GO:0006887 (exocytosis) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03081 (Exo70_C); PF20669 (Exo70_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992067 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057772523.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057772523.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057772523.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057772523.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057772523.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:6419471 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B132,B85 |
Chr7:6419570 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B25,B64,D8 |
Chr7:6419573 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A6,C50,D2 |
Chr7:6419708 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr7:6419723 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B107,C11,C46,C69 |
Chr7:6419818 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A16,B1,C33,C39 |
Chr7:6420308 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A10,C21,C48,D10 |
Chr7:6421130 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B140,D7 |
Chr7:6423801 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C69 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772523.1PF20669
Exo70_N 58-135 aa
PF03081
Exo70_C 254-615 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772523.1 |
Pfam | PF20669 |
Exo70_N | Repeat | 58 | 135 | 5.4e-11 | 43.3 | Exocyst complex component Exo70 N-terminal |
XP_057772523.1 |
Pfam | PF03081 |
Exo70_C | Repeat | 254 | 615 | 4.3e-121 | 405.2 | Exo70 exocyst complex subunit C-terminal |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。