同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000896

染色体: Chr07 坐标: 6436707-6439199 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000896
名称SmilChr07G000896
描述protein DMR6-LIKE OXYGENASE 2-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向6436707 - 6439199 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992072
GeneID130992072
locus_tag-
NCBI NameLOC130992072
原始查询SmilChr07G000896

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein DMR6-LIKE OXYGENASE 2-like
产物protein DMR6-LIKE OXYGENASE 2-like
ArabidopsisAT3G19010 (AT3G19010)
2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821434]
identity=52.27; qcov=1.0; evalue=4.75e-133; confidence=high
RiceOs03g0618300
-
identity=58.24; qcov=0.994; evalue=1.33e-138; confidence=high
GOGO:0051213 (dioxygenase activity)
KEGG-
PfamPF03171 (2OG-FeII_Oxy); PF14226 (DIOX_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992072

打开注释模块

非零投票定位候选(最多五项)

Rank定位位置中文五折投票比例Protein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057772527.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057772527.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:6436929 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B77,C63
Chr7:6437010 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B107,C11,C39,C46,C69
Chr7:6437059 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 3 A4,C12,C43
Chr7:6437059 A AC 1bp_insertion CDS_variant 3 A4,C12,C43
Chr7:6437127 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:6437156 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:6437160 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr7:6437326 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr7:6437331 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B118,B2,B46,C78
Chr7:6437434 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 1 B107
Chr7:6437434 C CA 1bp_insertion CDS_variant 1 B107
Chr7:6438055 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772527.1
350 aa
N
1
175
350
DIOX_N
2OG-FeII_Oxy
C
PF14226 DIOX_N 26-148 aa PF03171 2OG-FeII_Oxy 199-295 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772527.1 Pfam PF14226 DIOX_N Family 26 148 3e-32 112.4 non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal
XP_057772527.1 Pfam PF03171 2OG-FeII_Oxy Domain 199 295 1.3e-31 109.6 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916544.1
CTCATGTACAAGCTTGGAATGGGGAAAGTTTTCGTCCCCAGAAACCGGTTTCGTGTAACAATTTTTCCGGGATTTGCTGACCGTAGTTTAGTTGCTTGTCTCATTGCTGTATACTTCGATGGAAGAAAGCTTTGGATATGAGTGCATTTTCAGGAATAACAAATAAAATGATCACGGCAATGAATTTATTACAAACATTTGAAAATTATCCATGGTGGAATTCGACTCTGCTTTCATCCAAGCCATCGAGCACCGGCCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080393.1_cds_XP_057772527.1_35545
ATGGTGGAATTCGACTCTGCTTTCATCCAAGCCATCGAGCACCGGCCCAAACCCCGCTGTATCGAAGCGCAAAACATCCCACTGATTGATCTGTCGCCGCTGAATTCCGCGGCGGACCCCGACTCCGTGTCGGCTCTGGCGGCGGAGATCGGCCGCGCGTGCCGGGACTGGGGTTTTTTCCAGGTGATCAATCACGGTGTGCCGCCGGAATGCCGCGAAAAGGTGGAATCTGCGTCGAGGAAGTTCTTCGCGCTGCCGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772527.1
MVEFDSAFIQAIEHRPKPRCIEAQNIPLIDLSPLNSAADPDSVSALAAEIGRACRDWGFFQVINHGVPPECREKVESASRKFFALPKSEKMKVSRDAANPFGYYDGEHTKNVRDWKEVFDFAVENPIVFPVWNERGDLELRKLVNKWPQFFPKLRFVEACEEHAAEMEKLVVKLLELVALSLGLPKDRFNVFFKDQTSRVRLNHYPACPAPHLALGLGRHKDTGVLTILAQDDVPGLEVKRKTDGEWILVNPTPRAYIIN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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