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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000902

染色体: Chr07 坐标: 6465037-6467563 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000902
名称SmilChr07G000902
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g14850
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向6465037 - 6467563 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992077
GeneID130992077
locus_tag-
NCBI NameLOC130992077
原始查询SmilChr07G000902

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g14850
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At4g14850
ArabidopsisAT4G14850 (LOI1)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827142]
identity=63.6; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs11g0583200
-
identity=58.1; qcov=0.999; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF14432 (DYW_deaminase); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992077

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057772532.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772532.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772532.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772532.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057772532.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:6465046 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,B131,B56,B96,C48
Chr7:6465192 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr7:6465199 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr7:6465286 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C59
Chr7:6465291 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B85,D4
Chr7:6465315 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B85,D4
Chr7:6465341 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B125,B81,C5,C61,D3
Chr7:6465410 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C26
Chr7:6465469 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C14,C73
Chr7:6465519 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr7:6465528 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A6,B61,B91,C31
Chr7:6465605 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B118,B2,B46,C78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772532.1
689 aa
N
1
344
689
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_3
PPR
PPR
E_motif
PPR
DYW_deaminase
C
PF13041 PPR_2 74-119 aa PF13812 PPR_3 74-119 aa PF01535 PPR 76-106 aa PF01535 PPR 153-176 aa PF01535 PPR 251-277 aa PF01535 PPR 279-307 aa PF01535 PPR 380-408 aa PF13812 PPR_3 410-465 aa PF01535 PPR 419-447 aa PF01535 PPR 457-480 aa PF20431 E_motif 501-560 aa PF01535 PPR 528-551 aa PF14432 DYW_deaminase 597-689 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772532.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 74 119 8.5e-42 141.8 PPR repeat family
XP_057772532.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 74 119 3e-19 69.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057772532.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 76 106 1.8e-41 138.2 PPR repeat
XP_057772532.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 153 176 1.8e-41 138.2 PPR repeat
XP_057772532.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 251 277 1.8e-41 138.2 PPR repeat
XP_057772532.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 279 307 1.8e-41 138.2 PPR repeat
XP_057772532.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 380 408 1.8e-41 138.2 PPR repeat
XP_057772532.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 410 465 3e-19 69.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057772532.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 419 447 1.8e-41 138.2 PPR repeat
XP_057772532.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 457 480 1.8e-41 138.2 PPR repeat
XP_057772532.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 501 560 5.6e-18 65.7 E motif
XP_057772532.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 528 551 1.8e-41 138.2 PPR repeat
XP_057772532.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 597 689 4.9e-40 136.0 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916549.1
ATGTCATTCCTCAGCCCGAAATCGCTGGCGACGCTGGTGGAATCTGCCGTGTCTGTTCAGTCGCCCCGCCTGGGCCGCGCCGCCCACGCCCGGATCATCAAAACCCTAGGCCTAGCCCTAGAGGGATTCCTCTCCAATCATCTCATCCACATGTACTCCAAGCTCGACCGCCCCGACTCTGCCCGCGCCGTCCTCTCCCTCACCCCGCTCCACTTCCGCTCCGTCGTCACCTGGACCTCCCTCATCGCCGGCGACGTCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992077
ATGTCATTCCTCAGCCCGAAATCGCTGGCGACGCTGGTGGAATCTGCCGTGTCTGTTCAGTCGCCCCGCCTGGGCCGCGCCGCCCACGCCCGGATCATCAAAACCCTAGGCCTAGCCCTAGAGGGATTCCTCTCCAATCATCTCATCCACATGTACTCCAAGCTCGACCGCCCCGACTCTGCCCGCGCCGTCCTCTCCCTCACCCCGCTCCACTTCCGCTCCGTCGTCACCTGGACCTCCCTCATCGCCGGCGACGTCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772532.1
MSFLSPKSLATLVESAVSVQSPRLGRAAHARIIKTLGLALEGFLSNHLIHMYSKLDRPDSARAVLSLTPLHFRSVVTWTSLIAGDVQNGHFSAAISSFTTMRREGLRPNDFTFPCLFKATAALHAPLLGQQLHSLAVKLVLIGDAFVACSAFDMYSKTRFLSDAEKLFDEMPQRNIAMWNASISNAVLNGKPREGIFRFLQLLHDGEAAPNHISFCAFLNACSDGRFLAQGLQLHGYLIKEGHEADVSVANGLVDFYGKC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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