同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000913

染色体: Chr07 坐标: 6517616-6518860 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000913
名称SmilChr07G000913
描述transcription repressor OFP1-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向6517616 - 6518860 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992088
GeneID130992088
locus_tag-
NCBI NameLOC130992088
原始查询SmilChr07G000913

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription repressor OFP1-like
产物transcription repressor OFP1-like
ArabidopsisAT5G58360 (OFP3)
ovate family protein 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835948]
identity=37.11; qcov=0.992; evalue=9.47e-39; confidence=medium
RiceOs01g0823500 (OsOFP4)
-
identity=67.16; qcov=0.263; evalue=1.25e-25; confidence=weak
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0045892 (negative regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF04844 (Ovate); PF13724 (DNA_binding_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992088

打开注释模块

非零投票定位候选(最多五项)

Rank定位位置中文五折投票比例Protein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057772544.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057772544.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057772544.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057772544.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:6517937 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B117
Chr7:6517970 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B137
Chr7:6517990 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr7:6518061 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr7:6518087 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68
Chr7:6518192 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:6518202 C CCA 2bp_insertion frameshift_variant 1 C58
Chr7:6518202 C CCA 2bp_insertion CDS_variant 1 C58
Chr7:6518205 CAA C 2bp_deletion frameshift_variant 1 C58
Chr7:6518205 CAA C 2bp_deletion CDS_variant 1 C58
Chr7:6518345 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B117
Chr7:6518372 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B69,C27,C35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772544.1
255 aa
N
1
128
255
DNA_binding_2
Ovate
C
PF13724 DNA_binding_2 1-40 aa PF04844 Ovate 197-253 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772544.1 Pfam PF13724 DNA_binding_2 Domain 1 40 7.7e-19 68.4 DNA-binding domain
XP_057772544.1 Pfam PF04844 Ovate Family 197 253 3.6e-25 88.5 Transcriptional repressor, ovate

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916561.1
TAGCCCACACTATGCAAAAGAAGAAAGTAAAATAAAATGCAATATGCAAATGTGAGTGAGGCTACTAAAGGCAAGAGCAAGCAAGCAGCAAACCTGGCCTTGTAGCCCACTTGCTTTTCATGCATGCCAATGTTCCCTTCATAGGGCCCACTCTCAATTATCAAACACGCATCATTTTCTAGTATTTAACATCATAGCTAAACATTTCATTTCCCCTAGCACTCAAAAATCTCATTCTCTACAAACAAAATAGTCCATTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080393.1_cds_XP_057772544.1_35563
ATGGGGAATCATAGGTTCAAGCTCTCCGACATGATGCCCAACGCGTGGTTCTACAAGCTGAGGGACATGAGCAAAGTCCGAAGCCACAACGCCGCCAAAAAAGCCATGCAATCTTCCCGAAAATCCTTCTACTACGCCTCCGACTCCGCCGCCAAACTCCGGCTTTCGCCCACCAACACCAAATTCTACGACAGTCGCTTCCCGCACGACCCTCCGAAACCGAAACGAGCGAAACGGAAGACGGTGTACATGCCGTCTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772544.1
MGNHRFKLSDMMPNAWFYKLRDMSKVRSHNAAKKAMQSSRKSFYYASDSAAKLRLSPTNTKFYDSRFPHDPPKPKRAKRKTVYMPSPVKIAPASPQRMEMEVGFSSESDQSSDIIIHVDDNDSITELSMISEPRRLPPIQTKPAPIKPRRSSTSPGSRKSFKVGRKGRRRRKAEEEEEEERKAGRFYSESFAIVKASFDPEKDFKESMMEMIVENNIRAAKDLEELLACYLSLNSNQYHDTIIKVFEQIWAQLHF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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