当前解析结果
SmilChr07G000913| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000913 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000913 |
| 描述 | transcription repressor OFP1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 6517616 - 6518860 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130992088 |
|---|---|
| GeneID | 130992088 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992088 |
| 原始查询 | SmilChr07G000913 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | transcription repressor OFP1-like |
| 产物 | transcription repressor OFP1-like |
| Arabidopsis | AT5G58360 (OFP3)ovate family protein 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835948] identity=37.11; qcov=0.992; evalue=9.47e-39; confidence=medium |
| Rice | Os01g0823500 (OsOFP4)- identity=67.16; qcov=0.263; evalue=1.25e-25; confidence=weak |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0045892 (negative regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04844 (Ovate); PF13724 (DNA_binding_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992088 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | 五折投票比例 | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.80000 | XP_057772544.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057772544.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057772544.1 |
| 4 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057772544.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:6517937 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B117 |
Chr7:6517970 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B137 |
Chr7:6517990 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C52 |
Chr7:6518061 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B107 |
Chr7:6518087 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B68 |
Chr7:6518192 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr7:6518202 |
C |
CCA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 1 | C58 |
Chr7:6518202 |
C |
CCA |
2bp_insertion | CDS_variant | 1 | C58 |
Chr7:6518205 |
CAA |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C58 |
Chr7:6518205 |
CAA |
C |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | C58 |
Chr7:6518345 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B117 |
Chr7:6518372 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B69,C27,C35 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772544.1PF13724
DNA_binding_2 1-40 aa
PF04844
Ovate 197-253 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772544.1 |
Pfam | PF13724 |
DNA_binding_2 | Domain | 1 | 40 | 7.7e-19 | 68.4 | DNA-binding domain |
XP_057772544.1 |
Pfam | PF04844 |
Ovate | Family | 197 | 253 | 3.6e-25 | 88.5 | Transcriptional repressor, ovate |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。