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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000918

染色体: Chr07 坐标: 6558227-6561727 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000918
名称SmilChr07G000918
描述uncharacterized SmilChr07G000918
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向6558227 - 6561727 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992093
GeneID130992093
locus_tag-
NCBI NameLOC130992093
原始查询SmilChr07G000918

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述AID1; symbol=AID1; hit=Os06g0181300; species=rice; confidence=low
产物AID1; symbol=AID1; hit=Os06g0181300; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT1G15720 (TRFL5)
TRF-like 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838141]
identity=26.9; qcov=0.99; evalue=2.8e-15; confidence=low
RiceOs06g0181300 (AID1)
-
identity=34; qcov=0.79; evalue=7.37e-35; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF00249 (Myb_DNA-binding)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992093

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057772557.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772557.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772557.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057772557.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057772557.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:6558543 GAC G 2bp_deletion frameshift_variant 3 B139,B95,C73
Chr7:6558543 GAC G 2bp_deletion CDS_variant 3 B139,B95,C73
Chr7:6558566 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B139,B95,C73
Chr7:6558581 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr7:6558605 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B139,B95,C73
Chr7:6558639 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B73,C77
Chr7:6558650 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr7:6558698 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,C60,C83
Chr7:6558752 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B86,C27,C33,D2
Chr7:6558753 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B86,C27,C33,D2
Chr7:6558844 TAA T 2bp_deletion frameshift_variant 26 A15,B101,B105,B110,B112,B117,B119,B127,B36,B46,B72,B82,B86,C26,C27,C3,C33,C44,C47,C6,C64,C66,C72,C77,C81,D2
Chr7:6558848 C CCT 2bp_insertion frameshift_variant 26 A15,B101,B105,B110,B112,B117,B119,B127,B36,B46,B72,B82,B86,C26,C27,C3,C33,C44,C47,C6,C64,C66,C72,C77,C81,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772559.1
495 aa
N
1
248
495
Myb_DNA-binding
C
PF00249 Myb_DNA-binding 442-489 aa
XP_057772560.1
495 aa
N
1
248
495
Myb_DNA-binding
C
PF00249 Myb_DNA-binding 442-489 aa
XP_057772561.1
495 aa
N
1
248
495
Myb_DNA-binding
C
PF00249 Myb_DNA-binding 442-489 aa
XP_057772562.1
495 aa
N
1
248
495
Myb_DNA-binding
C
PF00249 Myb_DNA-binding 442-489 aa
XP_057772563.1
480 aa
N
1
240
480
Myb_DNA-binding
C
PF00249 Myb_DNA-binding 427-474 aa
XP_057772564.1
480 aa
N
1
240
480
Myb_DNA-binding
C
PF00249 Myb_DNA-binding 427-474 aa
XP_057772565.1
480 aa
N
1
240
480
Myb_DNA-binding
C
PF00249 Myb_DNA-binding 427-474 aa
XP_057772566.1
480 aa
N
1
240
480
Myb_DNA-binding
C
PF00249 Myb_DNA-binding 427-474 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772559.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 442 489 1.9e-06 28.6 Myb-like DNA-binding domain
XP_057772560.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 442 489 1.9e-06 28.6 Myb-like DNA-binding domain
XP_057772561.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 442 489 1.9e-06 28.6 Myb-like DNA-binding domain
XP_057772562.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 442 489 1.9e-06 28.6 Myb-like DNA-binding domain
XP_057772563.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 427 474 1.8e-06 28.7 Myb-like DNA-binding domain
XP_057772564.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 427 474 1.8e-06 28.7 Myb-like DNA-binding domain
XP_057772565.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 427 474 1.8e-06 28.7 Myb-like DNA-binding domain
XP_057772566.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 427 474 1.8e-06 28.7 Myb-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

9 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916583.1
GACTTAACTTAGCTGGTAGAAAACACAAAAAATCATCCTTCATAATCATAACTAAAAAAAGATCTTATATTTTAAGCCCACAAATCATGATGTTATTTCAGAAAAGTGTATAAACATTTTAAGGATGGCCCAAACCAAACAGGCCCTTGAATCGGTCTGTTCGTTAGCTATGCTGGCATCGTTGTGCCCTCAATTTTCCCCCAATTTTCTGCATCGATTCCAAATTATTCAATTCAAACCAAATTCCCCTACAAACAGTT...
XM_057916581.1
AATCATGATGTTATTTCAGAAAAGTGTATAAACATTTTAAGGATGGCCCAAACCAAACAGGCCCTTGAATCGGTCTGTTCGTTAGCTATGCTGGCATCGTTGTGCCCTCAATTTTCCCCCAATTTTCTGCATCGATTCCAAATTATTCAATTCAAACCAAATTCCCCTACAAACAGTTTATGAAAGAATTCCCTTAATTATTCTGCGTTTTGATGCATTCTTGAATCTGCCATGGACATCGATCCACACATCGCCAACTG...

CDS

9 records

下载 CDS FASTA
LOC130992093
ATGGACATCGATCCACACATCGCCAACTGGCTTATCGAATACTTCGTCCGGCAGCCCCTGGAGGAGCAGACGCTGAACTCCCTCATCGGCGCTCTCCCGCTGCCGGACAACAATTCCAATCTTCAAAATTCCCTCTTATTGTGTAAACTAGAGTTGGAGGTGTCGCGGCGTCCGTTGTCCGAAAGCACGCTGGCTTTGCTGGAGCAGTTGGAGGAGATTGAATTCAACAGAGGGAACGAGGCCTCCGAGACGATGAGGCG...
LOC130992093
ATGGACATCGATCCACACATCGCCAACTGGCTTATCGAATACTTCGTCCGGCAGCCCCTGGAGGAGCAGACGCTGAACTCCCTCATCGGCGCTCTCCCGCTGCCGGACAACAATTCCAATCTTCAAAATTCCCTCTTATTGTGTAAACTAGAGTTGGAGGTGTCGCGGCGTCCGTTGTCCGAAAGCACGCTGGCTTTGCTGGAGCAGTTGGAGGAGATTGAATTCAACAGAGGGAACGAGGCCTCCGAGACGATGAGGCG...

Protein

9 records

下载 Protein FASTA
XP_057772557.1
MDIDPHIANWLIEYFVRQPLEEQTLNSLIGALPLPDNNSNLQNSLLLCKLELEVSRRPLSESTLALLEQLEEIEFNRGNEASETMRRAYCEVAVDCTLRPLINEDDEVRKFKFYETVKRVWRRRIGRMEKFAEKGGLGSELLSAWKDEFDAAVWDDDVRGSVFKKFEGVHAKETVRVYLREERDKMGPSFLELLAERAQGDVDLRRILGLDGISGVAEEETPSSRVDGAANGSDASKVRHKGKIKLRDKLVGVRRLKTAS...
XP_057772559.1
MDIDPHIANWLIEYFVRQPLEEQTLNSLIGALPLPDNNSNLQNSLLLCKLELEVSRRPLSESTLALLEQLEEIEFNRGNEASETMRRAYCEVAVDCTLRPLINEDDEVRKFKFYETVKRVWRRRIGRMEKFAEKGGLGSELLSAWKDEFDAAVWDDDVRGSVFKKFEGVHAKETVRVYLREERDKMGPSFLELLAERAQGDVDLRRILGLDGISGVAEEETPSSRVDGAANGSDASKVRHKGKIKLRDKLVGVRRLKTAS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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