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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000922

染色体: Chr07 坐标: 6567328-6574622 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000922
名称SmilChr07G000922
描述B3 domain-containing transcription repressor VAL2-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向6567328 - 6574622 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992098
GeneID130992098
locus_tag-
NCBI NameLOC130992098
原始查询SmilChr07G000922

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述B3 domain-containing transcription repressor VAL2-like
产物B3 domain-containing transcription repressor VAL2-like
ArabidopsisAT2G30470 (HSI2)
B3 domain-containing transcription repressor VAL1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817597]
identity=47.6; qcov=0.971; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0679700 (OsVAL2)
-
identity=44.5; qcov=1.09; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
PfamPF02362 (B3); PF07496 (zf-CW); PF25813 (zf_VAL1_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992098

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057772570.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772570.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772570.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057772570.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057772570.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:6567654 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B73,C77
Chr7:6567667 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C42
Chr7:6567797 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,B76,C27,D5
Chr7:6567853 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B25,D8
Chr7:6567932 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:6568082 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C25
Chr7:6568181 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr7:6568199 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B73,C77
Chr7:6568227 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B59,C3
Chr7:6568714 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr7:6568716 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B63,B86
Chr7:6568724 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B16,B74,C47,C79

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772570.1
848 aa
N
1
424
848
zf_VAL1_N
B3
zf-CW
C
PF25813 zf_VAL1_N 49-96 aa PF02362 B3 330-428 aa PF07496 zf-CW 560-600 aa
XP_057772571.1
837 aa
N
1
418
837
zf_VAL1_N
B3
zf-CW
C
PF25813 zf_VAL1_N 49-96 aa PF02362 B3 330-428 aa PF07496 zf-CW 560-600 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772570.1 Pfam PF25813 zf_VAL1_N Domain 49 96 1.7e-22 79.8 VAL1-like, N-terminal zinc finger domain
XP_057772570.1 Pfam PF02362 B3 Domain 330 428 2.5e-16 60.2 B3 DNA binding domain
XP_057772570.1 Pfam PF07496 zf-CW Domain 560 600 9.2e-13 48.7 CW-type Zinc Finger
XP_057772571.1 Pfam PF25813 zf_VAL1_N Domain 49 96 1.7e-22 79.8 VAL1-like, N-terminal zinc finger domain
XP_057772571.1 Pfam PF02362 B3 Domain 330 428 2.5e-16 60.2 B3 DNA binding domain
XP_057772571.1 Pfam PF07496 zf-CW Domain 560 600 8.8e-13 48.8 CW-type Zinc Finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916588.1
AATAATCTTGAAGCCCAGGAAACACATTAAACCCCAAAATGTGAACTCCCCAAGGGAAAAATGATTTTGGGGCTAAATTTTACTTAGTATTGATGAGCTGTAGGTGGTCTTCAAATGTCGTGCATGCATATCGTTGCACCCATTTCTCTCTGCATGCCTACACGCTTTTTTCTCTCTCCTCCCCGCTCCCTTTCTCTCTCTAAACCTATACATACACGTCCATGACTCTATTATCACATCGTCTTTTTGGTTTTACTATA...
XM_057916587.1
AATCTTGAAGCCCAGGAAACACATTAAACCCCAAAATGTGAACTCCCCAAGGGAAAAATGATTTTGGGGCTAAATTTTACTTAGTATTGATGAGCTGTAGGTGGTCTTCAAATGTCGTGCATGCATATCGTTGCACCCATTTCTCTCTGCATGCCTACACGCTTTTTTCTCTCTCCTCCCCGCTCCCTTTCTCTCTCTAAACCTATACATACACGTCCATGACTCTATTATCACATCGTCTTTTTGGTTTTACTATATTC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130992098
ATGGGGTCGAAGAATTGCATGAACGAGGTGTGCCGCGCAACGACGTCGTTGGATTTGAAGAAAGGTTGGAGCTTGAAATCCGGTGGATTTGCTACGCTTTGTTACAAGTGCGGATCTGCATACGAGAACTCTGTTTTCTGTGAAACGTATCATTCAGACGAATCTGGTTGGAGGGAATGCAGAATATGTGGGAAGATTGTTCACTGTGGATGCATTGCTTCAAGACATCTATTTGAATACATGGAATTCGGCGGTGTTGC...
LOC130992098
ATGGGGTCGAAGAATTGCATGAACGAGGTGTGCCGCGCAACGACGTCGTTGGATTTGAAGAAAGGTTGGAGCTTGAAATCCGGTGGATTTGCTACGCTTTGTTACAAGTGCGGATCTGCATACGAGAACTCTGTTTTCTGTGAAACGTATCATTCAGACGAATCTGGTTGGAGGGAATGCAGAATATGTGGGAAGATTGTTCACTGTGGATGCATTGCTTCAAGACATCTATTTGAATACATGGAATTCGGCGGTGTTGC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057772570.1
MGSKNCMNEVCRATTSLDLKKGWSLKSGGFATLCYKCGSAYENSVFCETYHSDESGWRECRICGKIVHCGCIASRHLFEYMEFGGVACISCAKRLEIQSPQPVQIPNDISSGRSANKTCTREAQPIVVEHRVDDEKFSTRKLLQLTRAIGVNSVPTAVELKKEESVLRSTESSKRIQNHSQNCSSSVFVKPDYSRPKQGVKDMYESLAHPSLKFSLTSPLGSSNSVLPILPGTPVPGGPVPGGIVEGNEPTKGSLQHGQR...
XP_057772571.1
MGSKNCMNEVCRATTSLDLKKGWSLKSGGFATLCYKCGSAYENSVFCETYHSDESGWRECRICGKIVHCGCIASRHLFEYMEFGGVACISCAKRLEIQSPQPVQIPNDISSGRSANKTCTREAQPIVVEHRVDDEKFSTRKLLQLTRAIGVNSVPTAVELKKEESVLRSTESSKRIQNHSQNCSSSVFVKPDYSRPKQGVKDMYESLAHPSLKFSLTSPLGSSNSVLPILPGTPVPGGPVPGGIVEGNEPTKGSLQHGQR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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