当前解析结果
SmilChr07G000926| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000926 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000926 |
| 描述 | nucleolar complex-associated protein 2 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 6608552 - 7493209 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130992114 |
|---|---|
| GeneID | 130992114 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992114 |
| 原始查询 | SmilChr07G000926 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | nucleolar complex-associated protein 2 |
| 产物 | nucleolar complex-associated protein 2 |
| Arabidopsis | AT2G18220 (AT2G18220)Noc2p family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816337] identity=59.5; qcov=0.95; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os10g0495500- identity=52.8; qcov=0.933; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005654 (nucleoplasm); GO:0005730 (nucleolus); GO:0030690 (Noc1p-Noc2p complex); GO:0030691 (Noc2p-Noc3p complex); GO:0042273 (ribosomal large subunit biogenesis) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03715 (Noc2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992114 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057772598.1 |
| 2 | Nucleolus | 核仁 | 1.00000 | XP_057772598.1 |
| 3 | Nucleolus rim | Nucleolus rim | 0.40000 | XP_057772598.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057772598.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057772598.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:6608669 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B114 |
Chr7:6608852 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B137,B65,C71 |
Chr7:6609475 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C26 |
Chr7:6609490 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A13,B133,C4,C70 |
Chr7:6609732 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C60 |
Chr7:6610505 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A11,C64,C66 |
Chr7:6610677 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B117,B33,B53,C73 |
Chr7:6610703 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A13,B8,D8 |
Chr7:6610855 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B91 |
Chr7:6611218 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B133,C4,C70 |
Chr7:6611250 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C12,C43,C46 |
Chr7:6612582 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B104,B110,B121,B85,C81 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772598.1PF03715
Noc2 280-601 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772598.1 |
Pfam | PF03715 |
Noc2 | Family | 280 | 601 | 2e-98 | 329.9 | Noc2p family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。