Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000928`

染色体: Chr07 坐标: 6622350-6624231 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000928`
名称	SmilChr07G000928
描述	uncharacterized SmilChr07G000928
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	6622350 - 6624231 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992186`
GeneID	`130992186`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992186`
原始查询	`SmilChr07G000928`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Glycine-rich protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3771473]; symbol=AT5G49350; hit=AT5G49350; species=arabidopsis; confidence=low
产物	Glycine-rich protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3771473]; symbol=AT5G49350; hit=AT5G49350; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT5G49350` (AT5G49350) Glycine-rich protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3771473] identity=35.8; qcov=0.447; evalue=1.02e-07; confidence=low
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF24865 (DUF7731)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992186

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057772716.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057772716.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057772716.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057772716.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057772716.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:6622563`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr7:6623137`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A16,A25,B71,C39,C50
`Chr7:6623165`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A21,B1,B101,B34,D11
`Chr7:6623447`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B91
`Chr7:6623477`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr7:6623495`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B33,B53
`Chr7:6623496`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A18,C76
`Chr7:6623522`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B10
`Chr7:6623541`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772716.1

150 aa

150

DUF7731

PF24865 DUF7731 45-134 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057772716.1`	Pfam	`PF24865`	DUF7731	Domain	45	134	1.9e-23	83.0	Domain of unknown function (DUF7731)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057916733.1
GTCCCATAGTCCCATGGGTTTTATCAACTGTGTGTGTGTCTCCAGCTTATGTAGGTAGCTATAACGACGTTAGTTCTTGTTTATGTCACAGATATCTATGTAATCTAAGGAGCATATCCCATTTTATTAGACTCCTTGTTTATGGATATCAATCCTATATATGTATATGAGCGCAGGGTACAACACCTTAAAGCTTCATCGAAATGGCACATCGGCAACGGCAGATTCTCGGCCACGCTGCAACCTCTCTTGCCGTATTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992186
ATGGCACATCGGCAACGGCAGATTCTCGGCCACGCTGCAACCTCTCTTGCCGTATTTCTCTTTATTGCAATTTTCCTTCCCCATGCAACAGCAGAAGACAAACTCAACCCCGTAACCAATCAGAATTTAAACCCTACCCAGGCTTGGAGGAGTTCTGAATATTGCATGCAGAATATCTCGGCACCGTGTCAAACGGGCCTGAAGAACTACACCCTAACCTCGACTGGGTGGCTGAACGTCACCGCTGCTGCCGGCCCCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057772716.1
MAHRQRQILGHAATSLAVFLFIAIFLPHATAEDKLNPVTNQNLNPTQAWRSSEYCMQNISAPCQTGLKNYTLTSTGWLNVTAAAGPKFCEAGGCADHTRAVLLCLKHVKRDYWFANRATVQDLYDTIDDGCKNGGTGFTGVSKYGSHLPN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器