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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000936

染色体: Chr07 坐标: 6683089-6685859 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000936
名称SmilChr07G000936
描述CBS domain-containing protein CBSX3, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向6683089 - 6685859 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992174
GeneID130992174
locus_tag-
NCBI NameLOC130992174
原始查询SmilChr07G000936

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述CBS domain-containing protein CBSX3, mitochondrial-like
产物CBS domain-containing protein CBSX3%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT5G10860 (CBSX3)
Cystathionine beta-synthase (CBS) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830953]
identity=80.1; qcov=1; evalue=2.37e-121; confidence=high
RiceOs03g0737000 (OsCBSX4)
-
identity=76.1; qcov=1; evalue=4.71e-116; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00571 (CBS)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992174

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057772700.1
2 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.80000 XP_057772700.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772700.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772700.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772700.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:6684393 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B117
Chr7:6684483 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772700.1
205 aa
N
1
102
205
CBS
CBS
C
PF00571 CBS 73-119 aa PF00571 CBS 131-187 aa
XP_057772701.1
205 aa
N
1
102
205
CBS
CBS
C
PF00571 CBS 73-119 aa PF00571 CBS 131-187 aa
XP_057772702.1
205 aa
N
1
102
205
CBS
CBS
C
PF00571 CBS 73-119 aa PF00571 CBS 131-187 aa
XP_057772703.1
205 aa
N
1
102
205
CBS
CBS
C
PF00571 CBS 73-119 aa PF00571 CBS 131-187 aa
XP_057772704.1
205 aa
N
1
102
205
CBS
CBS
C
PF00571 CBS 73-119 aa PF00571 CBS 131-187 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772700.1 Pfam PF00571 CBS Domain 73 119 6.6e-26 91.1 CBS domain
XP_057772700.1 Pfam PF00571 CBS Domain 131 187 6.6e-26 91.1 CBS domain
XP_057772701.1 Pfam PF00571 CBS Domain 73 119 6.6e-26 91.1 CBS domain
XP_057772701.1 Pfam PF00571 CBS Domain 131 187 6.6e-26 91.1 CBS domain
XP_057772702.1 Pfam PF00571 CBS Domain 73 119 6.6e-26 91.1 CBS domain
XP_057772702.1 Pfam PF00571 CBS Domain 131 187 6.6e-26 91.1 CBS domain
XP_057772703.1 Pfam PF00571 CBS Domain 73 119 6.6e-26 91.1 CBS domain
XP_057772703.1 Pfam PF00571 CBS Domain 131 187 6.6e-26 91.1 CBS domain
XP_057772704.1 Pfam PF00571 CBS Domain 73 119 6.6e-26 91.1 CBS domain
XP_057772704.1 Pfam PF00571 CBS Domain 131 187 6.6e-26 91.1 CBS domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916721.1
AATAAATAATGGTATCATATAAAAATGCAATATTGTCCCCACCACTTATTGTCTGTTGGGGGTGGTGACAAGTGGCTTTCTTCTGTTATATAATGGATAGAGAGAGAGAGAAGCGGTCTATTGATTTTGTGAAAGTAGGGGCTGCTATAACTGCATAGGGTTTGTTCTTGTGACTTTTGCTTTTCACTTCACTCTGCTAGCTGAGTTCCAACTCCCACTTCCACAAAAATCTCAACTTCAGCCACAATGCAAGGAGGAAT...
XM_057916718.1
AATAAATAATGGTATCATATAAAAATGCAATATTGTCCCCACCACTTATTGTCTGTTGGGGGTGGTGAGTTTTTGTTTCATTAATCAACATTTTCCTACCAATTCATGTTGTCCTAATCTTATTTCTAATTTGGAATGTGATGTCAAATCAAGAATTACAAATTGGCGATTTATTTGTATAAAAAACAGGATCTTGATAATCAAGTAAGAAATTTAAAGGATTCTTCCAATGCAAACCGTTTCATTATTCAATATTGTTT...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC130992174
ATGCAAGGAGGAATTCACGCAATCTTGTCAAACGGTAATGTGCTCAAGAACGCTGTCCTGCAGCATGTGCGCGTCGTCCCTCCAGCGATGCGGGCCCTCATGTACTCGCGCCACGAGTCGACCTCAGCTGCCCGCATTGAGGAGCACGGCTTCGAAAGCACCAAGATCGCGGATGTTCTGACCGCCAAGGGGAAGGGCGCTGACGGATCCTGGCTCTGGTGCACCACTGATGATTCTGTGTACGATGCTGTGAAGTCGAT...
LOC130992174
ATGCAAGGAGGAATTCACGCAATCTTGTCAAACGGTAATGTGCTCAAGAACGCTGTCCTGCAGCATGTGCGCGTCGTCCCTCCAGCGATGCGGGCCCTCATGTACTCGCGCCACGAGTCGACCTCAGCTGCCCGCATTGAGGAGCACGGCTTCGAAAGCACCAAGATCGCGGATGTTCTGACCGCCAAGGGGAAGGGCGCTGACGGATCCTGGCTCTGGTGCACCACTGATGATTCTGTGTACGATGCTGTGAAGTCGAT...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057772700.1
MQGGIHAILSNGNVLKNAVLQHVRVVPPAMRALMYSRHESTSAARIEEHGFESTKIADVLTAKGKGADGSWLWCTTDDSVYDAVKSMTQHNVGALVVVKPGEQKSIAGIITERDYLRKIIVQGRSSKSTKVGDIMTEENKLITVTPDTKVLKAMQLMTDNRIRHIPVVNDGGMIGMVSIGDVVRAVVSEHREELNRLNAYIQGGY
XP_057772701.1
MQGGIHAILSNGNVLKNAVLQHVRVVPPAMRALMYSRHESTSAARIEEHGFESTKIADVLTAKGKGADGSWLWCTTDDSVYDAVKSMTQHNVGALVVVKPGEQKSIAGIITERDYLRKIIVQGRSSKSTKVGDIMTEENKLITVTPDTKVLKAMQLMTDNRIRHIPVVNDGGMIGMVSIGDVVRAVVSEHREELNRLNAYIQGGY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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