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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000940

染色体: Chr07 坐标: 6719077-6723103 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000940
名称SmilChr07G000940
描述uncharacterized SmilChr07G000940
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向6719077 - 6723103 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992165
GeneID130992165
locus_tag-
NCBI NameLOC130992165
原始查询SmilChr07G000940

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os05g0485300; species=rice; confidence=high
产物hit=Os05g0485300; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT4G10360 (AT4G10360)
TRAM, LAG1 and CLN8 (TLC) lipid-sensing domain containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826628]
identity=59.1; qcov=0.977; evalue=4.84e-106; confidence=high
RiceOs05g0485300
-
identity=58.8; qcov=0.969; evalue=3.44e-108; confidence=high
GOGO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0016020 (membrane); GO:0055088 (lipid homeostasis)
KEGG-
PfamPF03798 (TRAM_LAG1_CLN8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992165

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057772683.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057772683.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772683.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772683.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772683.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:6719612 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118
Chr7:6719627 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15
Chr7:6721449 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B17
Chr7:6721449 GT G 1bp_deletion CDS_variant 1 B17

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772683.1
258 aa
N
1
129
258
TRAM_LAG1_CLN8
C
PF03798 TRAM_LAG1_CLN8 54-246 aa
XP_057772684.1
258 aa
N
1
129
258
TRAM_LAG1_CLN8
C
PF03798 TRAM_LAG1_CLN8 54-246 aa
XP_057772685.1
258 aa
N
1
129
258
TRAM_LAG1_CLN8
C
PF03798 TRAM_LAG1_CLN8 54-246 aa
XP_057772686.1
258 aa
N
1
129
258
TRAM_LAG1_CLN8
C
PF03798 TRAM_LAG1_CLN8 54-246 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772683.1 Pfam PF03798 TRAM_LAG1_CLN8 Domain 54 246 7.4e-33 114.9 TLC domain
XP_057772684.1 Pfam PF03798 TRAM_LAG1_CLN8 Domain 54 246 7.4e-33 114.9 TLC domain
XP_057772685.1 Pfam PF03798 TRAM_LAG1_CLN8 Domain 54 246 7.4e-33 114.9 TLC domain
XP_057772686.1 Pfam PF03798 TRAM_LAG1_CLN8 Domain 54 246 7.4e-33 114.9 TLC domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916700.1
AGGTCAAACTTATATGCCCCAGTCGAATTGTTTTTCTTCAAAATTAGGTTAAATATGATTCTTTTGGTGAAGAGTATTCAAGGAAAGGAATTCCCACCCTATATTGATCGATTCAAAACTTCAACACTTTGCTCATAATAAAAAGGAAAAAAAAAATCAAATTAAGAGTCAATTATTCTCTTTCTTCCCTGACAATTAATATAAATATTATAAATATAGATATATGTAGCAGTCACTTTCCCTCCTGTTGGTTATACACA...
XM_057916701.1
CCAGGTAAATAATATTGTGTCGATTTTTTGAATATTTGATTGCTACTCCAACCTTTTCTACACTTCCTCTCCAATAATTTTCGTCAGCGCCACATATAAATATTTGGGTAAGAAAAAATATAAAAAATTGGGCTGATGGATATTGCGGGTCATGCTGTTCCAATCAAGAAACTGCAGTGGCTCTCGTATGTTTTCTGTGGGATTTTGATGTGCAAGATTGTATACGACTTAACAGGAGCAATCAGTGCTTCGTTCTTCAA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130992165
ATGGATATTGCGGGTCATGCTGTTCCAATCAAGAAACTGCAGTGGCTCTCGTATGTTTTCTGTGGGATTTTGATGTGCAAGATTGTATACGACTTAACAGGAGCAATCAGTGCTTCGTTCTTCAAGGGATACAACAAGCTTAACAACAAAGAAAAGCTCGAATGGAACAATAGGGGGTTCTCCACTTTCCATGCCATTGTCGTAGCTGCTGGTTCTCTGTATCTGCTTCTGTTTTCAGATCTTTTTGTTGATAGTGAAGA...
LOC130992165
ATGGATATTGCGGGTCATGCTGTTCCAATCAAGAAACTGCAGTGGCTCTCGTATGTTTTCTGTGGGATTTTGATGTGCAAGATTGTATACGACTTAACAGGAGCAATCAGTGCTTCGTTCTTCAAGGGATACAACAAGCTTAACAACAAAGAAAAGCTCGAATGGAACAATAGGGGGTTCTCCACTTTCCATGCCATTGTCGTAGCTGCTGGTTCTCTGTATCTGCTTCTGTTTTCAGATCTTTTTGTTGATAGTGAAGA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057772683.1
MDIAGHAVPIKKLQWLSYVFCGILMCKIVYDLTGAISASFFKGYNKLNNKEKLEWNNRGFSTFHAIVVAAGSLYLLLFSDLFVDSEDVLFINKSSTLSDTIMGVSIGYFLSDLAMIIYNYPALGGIEYILHHGLSMFSIIQSLLSGQAQFYIFMVLFTESTTPFVNLRWRLDVAGLKNSKLYIYNGVALFIGWLVARIILFVFLFFHMFVHFDQVKQVYWLGFYSLVAIPPVLSVMNLFWFWKIARGMVKTLRKSKQR
XP_057772684.1
MDIAGHAVPIKKLQWLSYVFCGILMCKIVYDLTGAISASFFKGYNKLNNKEKLEWNNRGFSTFHAIVVAAGSLYLLLFSDLFVDSEDVLFINKSSTLSDTIMGVSIGYFLSDLAMIIYNYPALGGIEYILHHGLSMFSIIQSLLSGQAQFYIFMVLFTESTTPFVNLRWRLDVAGLKNSKLYIYNGVALFIGWLVARIILFVFLFFHMFVHFDQVKQVYWLGFYSLVAIPPVLSVMNLFWFWKIARGMVKTLRKSKQR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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