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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000941

染色体: Chr07 坐标: 6724540-6727605 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000941
名称SmilChr07G000941
描述calcium uniporter protein 5, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向6724540 - 6727605 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992158
GeneID130992158
locus_tag-
NCBI NameLOC130992158
原始查询SmilChr07G000941

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述calcium uniporter protein 5, mitochondrial-like
产物calcium uniporter protein 5%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT1G57610 (AT1G57610)
calcium uniporter (DUF607) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842137]
identity=56.9; qcov=0.99; evalue=1.89e-111; confidence=high
RiceOs01g0817000
-
identity=71.2; qcov=0.771; evalue=1.2e-100; confidence=high
GOGO:0005262 (calcium channel activity); GO:0005743 (mitochondrial inner membrane); GO:0015292 (uniporter activity); GO:0036444 (calcium import into the mitochondrion); GO:0051560 (mitochondrial calcium ion homeostasis); GO:1990246 (uniplex complex)
KEGG-
PfamPF04678 (MCU)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992158

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057772669.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057772669.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 1.00000 XP_057772669.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772669.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772669.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:6724913 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B79
Chr7:6724925 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A9
Chr7:6725101 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C36
Chr7:6725123 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B18,C53
Chr7:6725197 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A4
Chr7:6725797 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,C38,C51
Chr7:6725975 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772669.1
293 aa
N
1
146
293
MCU
C
PF04678 MCU 105-260 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772669.1 Pfam PF04678 MCU Family 105 260 5.1e-51 174.0 Mitochondrial calcium uniporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916686.1
GAAAATGTTTGTTACTAGTATTTTGGAAACAATTAATTATTTAAAAGATGTTAAATAATTACCTCCAAAAAAAAGATGTTAAATAATTATAATCTGTCGATCACAAAATTGGCGAGAAAAGACCACGCGTAGGTGACGCGCAAGCACTGAGCCGCGAGACGGGCCGTATTCGGGCCGGGCCCTCCTACGCCTACCCTTACTGACAAATCTCCGCTCACAGTAACTGTCTTCAATATCAAATCGTTACAACGCCCCTCACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992158
ATGTGGAGAAATCCAGCTACCAATTTGTTGAGACGGGCGCTGAGGACCGCCGTTTCCTCTTCCGCTAGCCGTTTATCCGGCTTCCCGGCGCCCTCGTTCCGCCGCTACTGCGGCGGCGGCGGCGCCACCGTCGGCGACGGCGATGGGGAAGGGGACAGGAATGCGATGACGTATGCGGAGGCGAAAAGGTTGATGAGGTTGGTGAATGTAGGAGCGCTAAAGGAGAAGCTGGGGATGGAGGACAAGGAGGTGATCCCCTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772669.1
MWRNPATNLLRRALRTAVSSSASRLSGFPAPSFRRYCGGGGATVGDGDGEGDRNAMTYAEAKRLMRLVNVGALKEKLGMEDKEVIPYAELLEACESIGVAKSAAEAAAFARVLDEAGVILLFRDRVYLHPDKVVDLVRKAVPLALLPEDDPCKVELKKLQEKKEEIDILAHKQVRRILWTGLGIAVVQVGLFFRLTFWEFSWDVMEPIAFFTTTTGLVIGYAYFLITSRDPTYQDLLKRLFLSRQRKLIKRHNFDIQRLL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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