Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000946`

染色体: Chr07 坐标: 6737231-6743222 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000946`
名称	SmilChr07G000946
描述	sister chromatid cohesion protein SCC4
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	6737231 - 6743222 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992116`
GeneID	`130992116`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992116`
原始查询	`SmilChr07G000946`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	sister chromatid cohesion protein SCC4
产物	sister chromatid cohesion protein SCC4
Arabidopsis	`AT5G51340` (AT5G51340) Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835208] identity=58.1; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0347600` - identity=64; qcov=0.45; evalue=1.01e-138; confidence=medium
GO	GO:0000785 (chromatin); GO:0003690 (double-stranded DNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0007064 (mitotic sister chromatid cohesion); GO:0032116 (SMC loading complex); GO:0034088 (maintenance of mitotic sister chromatid cohesion)
KEGG	-
Pfam	PF10345 (Cohesin_load)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992116

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057772600.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057772600.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057772600.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057772600.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057772600.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:6737473`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A11,B22,C71
`Chr7:6737475`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B14
`Chr7:6737929`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B111
`Chr7:6740002`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B25,C16
`Chr7:6740566`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B25,C16
`Chr7:6740877`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A21,B124,B128,B29,C15
`Chr7:6740880`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr7:6740896`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C58
`Chr7:6741746`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C20
`Chr7:6742623`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B18,B23,C53,C54
`Chr7:6742787`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B118

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772600.1

722 aa

361

722

Cohesin_load

PF10345 Cohesin_load 21-627 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057772600.1`	Pfam	`PF10345`	Cohesin_load	Repeat	21	627	5.5e-30	105.0	Cohesin loading factor

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057916617.1
AAAAAGAACAGAAAAAAAAGAAAAAGAAAAAAAGAATCCCGGAACATTTTGCTTCGAATTTTCTGGCTGAACATGACGGAAGGTATCTAGCAGTAGCGCCGGTGATGGAAGCGGTGGCGGAAGGGCTGTGGGCGCTGGCGGAGCAGCACGAGCAGCAGCGGGAAATACGGGAGGCCGTCAAATGCCTCGAAGCCATTTGCCAGAGCGCGGTGTCGTTTCTCCCTATAATCGAAATCAAAACGCGCCTCCGCCTCGCCGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992116
ATGGAAGCGGTGGCGGAAGGGCTGTGGGCGCTGGCGGAGCAGCACGAGCAGCAGCGGGAAATACGGGAGGCCGTCAAATGCCTCGAAGCCATTTGCCAGAGCGCGGTGTCGTTTCTCCCTATAATCGAAATCAAAACGCGCCTCCGCCTCGCCGCGCTTCTTATCAAGCACTCACACAACGTCAACCACGCCAAATCTCACCTCGAACGATCCCAACTTCTGTTGAAGTCAATTCCTTCTTGCTTTGAGCTGAAGTGCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057772600.1
MEAVAEGLWALAEQHEQQREIREAVKCLEAICQSAVSFLPIIEIKTRLRLAALLIKHSHNVNHAKSHLERSQLLLKSIPSCFELKCRAYSLLSQCYHLVGAIPSQKQMLNKGLELAAVSGEGFAGKLWSCNFNSQLANALIIEGDYHGSVSALQQGLTIAVEMFYPELQMFFATSILHVRVMQWDSTLLVEDSVNGCSLIWESLEPEKKQQCPGLLFYYELLQLFYLLRICDYKTAAQHIDKLDAAMKSDLQRMQHIRDL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器