Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000952

染色体: Chr07 坐标: 6824672-6828859 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000952
名称SmilChr07G000952
描述probable inactive receptor kinase At5g58300
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向6824672 - 6828859 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992117
GeneID130992117
locus_tag-
NCBI NameLOC130992117
原始查询SmilChr07G000952

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable inactive receptor kinase At5g58300
产物probable inactive receptor kinase At5g58300
ArabidopsisAT5G58300 (AT5G58300)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835942]
identity=68; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0681100
-
identity=62; qcov=0.972; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992117

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057772601.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772601.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772601.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772601.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057772601.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:6826570 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15
Chr7:6826713 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,B122,B137,C39
Chr7:6826831 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B48,B56,B96
Chr7:6826832 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23
Chr7:6826874 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B74
Chr7:6826881 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B100,B27,B74,C14,C65
Chr7:6826908 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:6827026 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:6827152 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr7:6827262 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C28
Chr7:6827522 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr7:6827695 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B48,B56,B96

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772601.1
683 aa
N
1
342
683
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 78-115 aa PF00560 LRR_1 146-167 aa PF00560 LRR_1 169-190 aa PF00560 LRR_1 193-213 aa PF00560 LRR_1 237-258 aa PF00069 Pkinase 392-654 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 392-655 aa
XP_057772602.1
682 aa
N
1
341
682
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 77-114 aa PF00560 LRR_1 145-166 aa PF00560 LRR_1 168-189 aa PF00560 LRR_1 192-212 aa PF00560 LRR_1 236-257 aa PF00069 Pkinase 391-653 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 391-654 aa
XP_057772604.1
633 aa
N
1
316
633
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 28-65 aa PF00560 LRR_1 96-117 aa PF00560 LRR_1 119-140 aa PF00560 LRR_1 143-163 aa PF00560 LRR_1 165-182 aa PF00560 LRR_1 187-208 aa PF00069 Pkinase 342-604 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 342-605 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772601.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 78 115 9.5e-08 32.9 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057772601.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 146 167 3.5e-14 50.6 Leucine Rich Repeat
XP_057772601.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 169 190 3.5e-14 50.6 Leucine Rich Repeat
XP_057772601.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 193 213 3.5e-14 50.6 Leucine Rich Repeat
XP_057772601.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 237 258 3.5e-14 50.6 Leucine Rich Repeat
XP_057772601.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 392 654 1.5e-35 123.6 Protein kinase domain
XP_057772601.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 392 655 1.8e-35 123.2 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057772602.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 77 114 9.3e-08 32.9 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057772602.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 145 166 3.5e-14 50.6 Leucine Rich Repeat
XP_057772602.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 168 189 3.5e-14 50.6 Leucine Rich Repeat
XP_057772602.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 192 212 3.5e-14 50.6 Leucine Rich Repeat
XP_057772602.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 236 257 3.5e-14 50.6 Leucine Rich Repeat
XP_057772602.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 391 653 1.5e-35 123.6 Protein kinase domain
XP_057772602.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 391 654 1.9e-35 123.2 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057772604.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 28 65 8.7e-08 33.0 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057772604.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 96 117 2.4e-14 51.1 Leucine Rich Repeat
XP_057772604.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 119 140 2.4e-14 51.1 Leucine Rich Repeat
XP_057772604.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 143 163 2.4e-14 51.1 Leucine Rich Repeat
XP_057772604.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 165 182 2.4e-14 51.1 Leucine Rich Repeat
XP_057772604.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 187 208 2.4e-14 51.1 Leucine Rich Repeat
XP_057772604.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 342 604 1.3e-35 123.9 Protein kinase domain
XP_057772604.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 342 605 1.6e-35 123.4 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916618.1
TCCCTAGTCCCTCCCTCAGTGGTTGAGTGAATCAACTTCACTCACTGACTCTTGCCCACCTCACACTCCCACACACCCACACCATTCCCTCTCTTCAATTTTTCATTTTCCATTTCCAGCTCACTTTCAAGAAAAAAAATAACCTGCTCAAAGTTCTGCCCAAAACCATTTCTTGGTACGTTTACACCCCCGGATCTTCGAATTCCCCAATTCATGGTGTGAATTCTTGAGTAAAATGCTGTTGCAAATGCTGGTGCTTC...
XM_057916619.1
TCCCTAGTCCCTCCCTCAGTGGTTGAGTGAATCAACTTCACTCACTGACTCTTGCCCACCTCACACTCCCACACACCCACACCATTCCCTCTCTTCAATTTTTCATTTTCCATTTCCAGCTCACTTTCAAGAAAAAAAATAACCTGCTCAAAGTTCTGCCCAAAACCATTTCTTGGTACGTTTACACCCCCGGATCTTCGAATTCCCCAATTCATGGTGTGAATTCTTGAGTAAAATGCTGTTGCAAATGCTGGTGCTTC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130992117
ATGCTGTTGCAAATGCTGGTGCTTCAGCCAGGCTTATTATGTAAGCTTCAATTCTCTCTCTCCGCAGCATTCATTAGCTTCAGTTTGGAGTTTGCAAGAAAAGGAAAACTTCATTGCTCGAAGTGTTTGAATGCTTGGGTGAGTTTTCTAATGAAACGCTGCTCTTCCCATGTAATGCTATGTCCTCTCTTGATCATTATCGCACTTTTGCCTCTGGCCTGCGGTGACTTGAGCTCAGACAGTCAAGCCCTTCTGGCATT...
LOC130992117
ATGCTGTTGCAAATGCTGGTGCTTCAGCCAGGCTTATTATCATTCTTGGAATTTTGTGCTGAAGATTCTGGATTTTCTGGGCTCCTCGGCATGCTTCGAGGAAAACTTCATTGCTCGAAGTGTTTGAATGCTTGGGTGAGTTTTCTAATGAAACGCTGCTCTTCCCATGTAATGCTATGTCCTCTCTTGATCATTATCGCACTTTTGCCTCTGGCCTGCGGTGACTTGAGCTCAGACAGTCAAGCCCTTCTGGCATTTTC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057772601.1
MLLQMLVLQPGLLCKLQFSLSAAFISFSLEFARKGKLHCSKCLNAWVSFLMKRCSSHVMLCPLLIIIALLPLACGDLSSDSQALLAFSSTIPHGRKLNWNAGSPICTTWTGVNCSTDGNSVVGLRLPGIGLTGPIPSNTIGKLDGLRVLSFRSNRLSGNLPSDILSLPSLRYVFLQNNNFTGEIPSSLPPLLAVLDLSFNSLTGSIPLTFQNLTHLTALSLQNNSLSGPIPDLDLPHLKRLNVSYNRFNGSIPSSLNKFP...
XP_057772602.1
MLLQMLVLQPGLLSFLEFCAEDSGFSGLLGMLRGKLHCSKCLNAWVSFLMKRCSSHVMLCPLLIIIALLPLACGDLSSDSQALLAFSSTIPHGRKLNWNAGSPICTTWTGVNCSTDGNSVVGLRLPGIGLTGPIPSNTIGKLDGLRVLSFRSNRLSGNLPSDILSLPSLRYVFLQNNNFTGEIPSSLPPLLAVLDLSFNSLTGSIPLTFQNLTHLTALSLQNNSLSGPIPDLDLPHLKRLNVSYNRFNGSIPSSLNKFPN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器