Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000954

染色体: Chr07 坐标: 6846323-6851226 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000954
名称SmilChr07G000954
描述formin-like protein 1
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向6846323 - 6851226 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992103
GeneID130992103
locus_tag-
NCBI NameLOC130992103
原始查询SmilChr07G000954

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述formin-like protein 1
产物formin-like protein 1
ArabidopsisAT3G25500 (AFH1)
formin homology 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822136]
identity=67.2; qcov=0.346; evalue=0; confidence=low
RiceOs01g0897700 (OsFH1)
-
identity=67.1; qcov=0.318; evalue=0; confidence=low
GOGO:0030036 (actin cytoskeleton organization); GO:0045010 (actin nucleation); GO:0051015 (actin filament binding)
KEGG-
PfamPF02181 (FH2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992103

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057772581.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772581.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772581.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772581.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057772581.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:6846551 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr7:6846571 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr7:6846630 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B114,B37,B93,C12,C43
Chr7:6846633 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B101,D11
Chr7:6846747 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr7:6846978 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B101,D10,D11
Chr7:6847349 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,B140
Chr7:6847489 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B6,C67
Chr7:6847639 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B87,D5
Chr7:6847674 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B123,B69,C83
Chr7:6847801 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B123,B69,C83
Chr7:6847855 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,B44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772581.1
1436 aa
N
1
718
1436
FH2
C
PF02181 FH2 982-1382 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772581.1 Pfam PF02181 FH2 Family 982 1382 1.7e-111 373.7 Formin Homology 2 Domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916598.1
ATAGTCTATAAACTTCCACTCCACTACCACTGCTGCTTCTCACACACTACAGAGTGTGCAAAAATGTGAAAATTCACACCCAAAACTAAAAGAATTAACCACCACAAAATGGCTACCGCCGCCGCCTTCTCCCTCCGCGCTCTCCTCCTCTTATCCTTCACCCTCCGCCCCTTAGCCTCCACCCCCCAACCCCGCCGCATTCTCCACCAGCCCCTTCTCCCCCAGGAGTCCTCCCCCCCATCCCCGCCCCCCGCCCCCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992103
ATGGCTACCGCCGCCGCCTTCTCCCTCCGCGCTCTCCTCCTCTTATCCTTCACCCTCCGCCCCTTAGCCTCCACCCCCCAACCCCGCCGCATTCTCCACCAGCCCCTTCTCCCCCAGGAGTCCTCCCCCCCATCCCCGCCCCCCGCCCCCACGCCCCCACAATACCCCTTCACCTCTTCCGCCCCCGAAAGCTCCACCTCCCCTTTCTTCCAATCCTACCCCTCCCCCCCTCCGCCTCCCGGCCCCGCCTCCTTCGCCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772581.1
MATAAAFSLRALLLLSFTLRPLASTPQPRRILHQPLLPQESSPPSPPPAPTPPQYPFTSSAPESSTSPFFQSYPSPPPPPGPASFASFPANISSLTVAAPSKPSSSSSKLIIAAVAAVVAAITVVSLAVFLHLRHRTASRRSSSFDQSKPQNSDTSSVVSFNQAPNRHHIPKLQRPSQSSAEFLYLGTLVNSHAPAPAPAAAATINFSNAANPRKLDSPELRPLPPLNMQRQNFGNSAEVISSKDDESEEFYSPKGSING...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器