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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000957

染色体: Chr07 坐标: 6894507-6896271 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000957
名称SmilChr07G000957
描述protein ASPARTIC PROTEASE IN GUARD CELL 2
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向6894507 - 6896271 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992135
GeneID130992135
locus_tag-
NCBI NameLOC130992135
原始查询SmilChr07G000957

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein ASPARTIC PROTEASE IN GUARD CELL 2
产物protein ASPARTIC PROTEASE IN GUARD CELL 2
ArabidopsisAT3G20015 (AT3G20015)
Eukaryotic aspartyl protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821540]
identity=68.5; qcov=0.945; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0140100
-
identity=48.2; qcov=0.905; evalue=8.26e-120; confidence=high
GOGO:0004190 (aspartic-type endopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis)
KEGG-
PfamPF00026 (Asp); PF14541 (TAXi_C); PF14543 (TAXi_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992135

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.80000 XP_057772640.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057772640.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772640.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772640.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772640.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:6894818 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B137
Chr7:6894863 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C32
Chr7:6894988 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B18,B23,B97,C53,C54
Chr7:6895013 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr7:6895379 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B55,B93
Chr7:6895418 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,C39,C42,C71
Chr7:6895420 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr7:6895424 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B125
Chr7:6895469 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B123,C50
Chr7:6895592 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr7:6895679 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:6895746 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772640.1
474 aa
N
1
237
474
Asp
TAXi_N
TAXi_C
C
PF00026 Asp 134-470 aa PF14543 TAXi_N 135-297 aa PF14541 TAXi_C 320-470 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772640.1 Pfam PF00026 Asp Domain 134 470 1e-20 75.2 Eukaryotic aspartyl protease
XP_057772640.1 Pfam PF14543 TAXi_N Domain 135 297 3.5e-48 164.8 Xylanase inhibitor N-terminal
XP_057772640.1 Pfam PF14541 TAXi_C Domain 320 470 1.5e-30 106.8 Xylanase inhibitor C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916657.1
AAAATAAAGGGGACAGAAAACCCCATGACTCAATTATTTCTCTGCTTCTTCAAAACCCCACCACCACTTCATATCCCTAAACCCAAAGCACATAAATCTCACCTCCATTCTCTCTCTAAGTAAACAAACCACCACATCAATTTTCACACTGCCACAATGCCAACACTCTTCATTCTTCTCCTCCTCCTCCTCTCCCCGCCGCCACCCGCCTTCTCGGCCACCATCACCACCACCTCCGCCGGCCATGCAATCCCATTCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992135
ATGCCAACACTCTTCATTCTTCTCCTCCTCCTCCTCTCCCCGCCGCCACCCGCCTTCTCGGCCACCATCACCACCACCTCCGCCGGCCATGCAATCCCATTCCCCCACTACGAGCACCTCAACATCAAACAATCCATCGCCGCCGCCACCAAGCTCCGCCCCTCCTCCGCCTTCCCCGACACCAAAACCGCCGTCAAAAACGACACCGGCGTGAAACTCCACCTCCTCCACCGCGACAAGCTGCCCTTCTCCTGGCAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772640.1
MPTLFILLLLLLSPPPPAFSATITTTSAGHAIPFPHYEHLNIKQSIAAATKLRPSSAFPDTKTAVKNDTGVKLHLLHRDKLPFSWQKEHRRRFEARMKRDARRVASLLRRTSGAYEVADFGAEVVSGMDQGSGEYFVRIGVGSPARSQYMVIDSGSDIVWVQCQPCTQCYHQSDPVFDPADSASFSGVSCSSSVCDRVENSGCHAGRCKYEVSYGDGSYTKGTLALETLTVGHTTVQNVAIGCGHMNRGMFVGAAGLLGL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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