Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000958`

染色体: Chr07 坐标: 6899734-6903034 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000958`
名称	SmilChr07G000958
描述	cytochrome b561 and DOMON domain-containing protein At3g07570
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	6899734 - 6903034 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992148`
GeneID	`130992148`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992148`
原始查询	`SmilChr07G000958`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	cytochrome b561 and DOMON domain-containing protein At3g07570
产物	cytochrome b561 and DOMON domain-containing protein At3g07570
Arabidopsis	`AT3G07570` (AT3G07570) Cytochrome b561/ferric reductase transmembrane with DOMON related domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819948] identity=52.6; qcov=0.949; evalue=1.05e-129; confidence=high
Rice	`Os01g0895300` - identity=40.8; qcov=0.989; evalue=3.32e-98; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03188 (Cytochrom_B561); PF03351 (DOMON)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992148

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057772660.1`
2	Vesicle	囊泡	0.40000	`XP_057772660.1`
3	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057772660.1`
4	Endosome	内体	0.20000	`XP_057772660.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057772660.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:6900499`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B85
`Chr7:6900516`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C50,D6
`Chr7:6901906`	`C`	`CG`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B95
`Chr7:6901906`	`C`	`CG`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B95
`Chr7:6901964`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B93
`Chr7:6901988`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B68
`Chr7:6902056`	`GTT`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	124	A1,A14,A15,A16,A19,A2,A20,A21,A22,A4,A7,B1,B10,B100,B101,B103,B106,B109,B112,B115,B117,B118,B119,B12,B122,B123,B125,B128,B13,B133,B134,B135,B136,B137,B139,B16,B17,B18,B19,B20,B21,B23,B24,B27,B28,B3,B32,B33,B35,B38,B39,B4,B41,B49,B5,B54,B55,B56,B58,B59,B6,B60,B62,B65,B68,B7,B71,B73,B77,B78,B79,B8,B81,B82,B87,B9,B90,B92,B94,B95,B96,B97,B99,C1,C11,C15,C17,C19,C2,C21,C22,C25,C27,C29,C3,C30,C36,C37,C39,C4,C43,C45,C47,C48,C49,C52,C53,C54,C60,C64,C66,C67,C69,C7,C73,C74,C75,C78,C80,C81,C82,D3,D6,D7
`Chr7:6902146`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A13,D8
`Chr7:6902660`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B136

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772660.1

369 aa

184

369

DOMON

Cytochrom_B561

PF03351 DOMON 71-123 aa PF03188 Cytochrom_B561 214-334 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057772660.1`	Pfam	`PF03351`	DOMON	Domain	71	123	1e-09	39.4	DOMON domain
`XP_057772660.1`	Pfam	`PF03188`	Cytochrom_B561	Family	214	334	1e-06	29.8	Eukaryotic cytochrome b561

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057916677.1
TATGTGTGTTGAAGCTGTCAATTATTTATTCCCACCTTCCATACACTTCTTATTAACATAAAGCAAAACCAAGAAGAGCTTATAGTCAACAACTTTCCTTCAAGTAAAAGCTATTATTTTGTCCATTTTGCAATTTACCCCTAATACATAAACAAACACACACATATATATATATATATATGTATGTGTGTGTGTGTGTGTACACAGAGAGAGAGAGAGAGAAGGAAAGAGTGTGGAGAGGGAGAACCAGAGAGAGATGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992148
ATGAAGAAGGTGCCTCCAAGCTACACACTGTTGTTGATTCTCAGCTTCTTATTTCCATATGTTTATTCACAATCACAAGATTCCTGCTCTTCTCCCCTCCCTTTGGAAAACGCACTTCCCTTTGACACAACTTCTCTCCAATGTGTCACAGTATGGAGTTCTCAAGGCTTCATCCTCAGATATGTGCAGGCTGCAGCAAATGTATGGAATTTTGTGGTGTCAGCACCCAGCACAAATGCATATGTTGGCATAGGATTCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057772660.1
MKKVPPSYTLLLILSFLFPYVYSQSQDSCSSPLPLENALPFDTTSLQCVTVWSSQGFILRYVQAAANVWNFVVSAPSTNAYVGIGFSPNGDMVGSTAIVGWVESGGTPNMKEYFLGGQQPSLVRLIQQQPNQGLPIGNVSITLIQSGRIYIAFQLLTAQPGSRLIYAVGPAGRLPQAPDFRLTEHQERIATTLNYASGEFKTEKRPESSLRRSHGLLNMLGWAIMMPIGAMVARYMRKWDPLWFYLHAVIQSTAFLLGLI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器