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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000970

染色体: Chr07 坐标: 7022879-7031240 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000970
名称SmilChr07G000970
描述uncharacterized SmilChr07G000970
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向7022879 - 7031240 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992102
GeneID130992102
locus_tag-
NCBI NameLOC130992102
原始查询SmilChr07G000970

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述BAH and TFIIS domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823961]; symbol=AT3G48060; hit=AT3G48060; species=arabidopsis; confidence=medium
产物BAH and TFIIS domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823961]; symbol=AT3G48060; hit=AT3G48060; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT3G48060 (AT3G48060)
BAH and TFIIS domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823961]
identity=43.3; qcov=0.555; evalue=1.75e-129; confidence=medium
RiceOs02g0742000 (P0585G03.15-1)
-
identity=41.4; qcov=0.493; evalue=3.27e-99; confidence=medium
GOGO:0003682 (chromatin binding); GO:0005634 (nucleus)
KEGG-
PfamPF01426 (BAH); PF08711 (Med26)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992102

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057772576.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772576.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772576.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057772576.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057772576.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:7023660 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr7:7024849 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A1
Chr7:7024972 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A1
Chr7:7025411 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr7:7025652 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A1
Chr7:7026147 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A19
Chr7:7026148 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,C71
Chr7:7026340 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,B94
Chr7:7026762 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B33,B53,C62
Chr7:7026787 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr7:7026797 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B21,C52
Chr7:7027075 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,B12,B55,C70

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772576.1
1577 aa
N
1
788
1577
BAH
Med26
C
PF01426 BAH 65-170 aa PF08711 Med26 379-428 aa
XP_057772577.1
1577 aa
N
1
788
1577
BAH
Med26
C
PF01426 BAH 65-170 aa PF08711 Med26 379-428 aa
XP_057772578.1
1577 aa
N
1
788
1577
BAH
Med26
C
PF01426 BAH 65-170 aa PF08711 Med26 379-428 aa
XP_057772579.1
1577 aa
N
1
788
1577
BAH
Med26
C
PF01426 BAH 65-170 aa PF08711 Med26 379-428 aa
XP_057772580.1
1376 aa
N
1
688
1376
Med26
C
PF08711 Med26 178-227 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772576.1 Pfam PF01426 BAH Domain 65 170 1.2e-09 38.8 BAH domain
XP_057772576.1 Pfam PF08711 Med26 Domain 379 428 2.4e-13 50.4 TFIIS helical bundle-like domain
XP_057772577.1 Pfam PF01426 BAH Domain 65 170 1.2e-09 38.8 BAH domain
XP_057772577.1 Pfam PF08711 Med26 Domain 379 428 2.4e-13 50.4 TFIIS helical bundle-like domain
XP_057772578.1 Pfam PF01426 BAH Domain 65 170 1.2e-09 38.8 BAH domain
XP_057772578.1 Pfam PF08711 Med26 Domain 379 428 2.4e-13 50.4 TFIIS helical bundle-like domain
XP_057772579.1 Pfam PF01426 BAH Domain 65 170 1.2e-09 38.8 BAH domain
XP_057772579.1 Pfam PF08711 Med26 Domain 379 428 2.4e-13 50.4 TFIIS helical bundle-like domain
XP_057772580.1 Pfam PF08711 Med26 Domain 178 227 2.1e-13 50.6 TFIIS helical bundle-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916595.1
GGGGGGCGACATTATTATTACATCCCCCTTGCCCGGTCTGCCCGATCTGCCCGCCTCCACTCAAACTCAACACGACGCCGTACCCCATTCATTTCTCTCTCTCTCTCTCTGTACCTTCCCCCTCTCTATACCCCGCTGCTTTCTCTCTCTAAAATCTCCGTTCTTCTCTCTCCATCTCTCTGTCGAAAAAGTGCCGCAGGTTTTATACTCGAATTGGATTTGTTCGAGATTTGAAGAGGTTGCTAAATAAGGGTTTATCT...
XM_057916596.1
GGGGGGCGACATTATTATTACATCCCCCTTGCCCGGTCTGCCCGATCTGCCCGCCTCCACTCAAACTCAACACGACGCCGTACCCCATTCATTTCTCTCTCTCTCTCTCTGTACCTTCCCCCTCTCTATACCCCGCTGCTTTCTCTCTCTAAAATCTCCGTTCTTCTCTCTCCATCTCTCTGTCGAAAAAGTGCCGCAGGTTTTATACTCGAATTGGATTTGTTCGAGATTTGAAGAGGTTGCTAAATAAGGGTTTATCT...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC130992102
ATGCATGGGAGGGTTCAGCGGGACGGCGAGAGCTCTAGGAGTTTAAGGAGGAGTAGTAGTCAGCACATGCGGTCAGTCCCTCCGTTGGCGACTGCCGATAACGCTGTAGCTTCCGCCGGTGATAATCATTCTCCTATTGCTTCTTCTATCACAACTTCCACAACTGGTAATTCGTTCTTCAAGGATGGTCGTAAGATTAGTGTTGGTGATTGTGCTCTTTTCAAACCACTTAACAATTCTCCACCTTTCATTGGTTTGAT...
LOC130992102
ATGCATGGGAGGGTTCAGCGGGACGGCGAGAGCTCTAGGAGTTTAAGGAGGAGTAGTAGTCAGCACATGCGGTCAGTCCCTCCGTTGGCGACTGCCGATAACGCTGTAGCTTCCGCCGGTGATAATCATTCTCCTATTGCTTCTTCTATCACAACTTCCACAACTGGTAATTCGTTCTTCAAGGATGGTCGTAAGATTAGTGTTGGTGATTGTGCTCTTTTCAAACCACTTAACAATTCTCCACCTTTCATTGGTTTGAT...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057772576.1
MHGRVQRDGESSRSLRRSSSQHMRSVPPLATADNAVASAGDNHSPIASSITTSTTGNSFFKDGRKISVGDCALFKPLNNSPPFIGLIRWLALDKENNLQLGVNWLYRSSELKLGKGPLPDSVPNEIFYSFHKDEIPAASLLHPCKVAFLPRGAELPTGTSCFVCRRAYDIGKKCLWWLTDQDYINEQQEEVDQLLHQTRKEMHVTLHPSGRSPKQATTPTSTSQLKPASDSGQNSGTSIPSQNKGKKRERIDHCADPVKR...
XP_057772577.1
MHGRVQRDGESSRSLRRSSSQHMRSVPPLATADNAVASAGDNHSPIASSITTSTTGNSFFKDGRKISVGDCALFKPLNNSPPFIGLIRWLALDKENNLQLGVNWLYRSSELKLGKGPLPDSVPNEIFYSFHKDEIPAASLLHPCKVAFLPRGAELPTGTSCFVCRRAYDIGKKCLWWLTDQDYINEQQEEVDQLLHQTRKEMHVTLHPSGRSPKQATTPTSTSQLKPASDSGQNSGTSIPSQNKGKKRERIDHCADPVKR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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