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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000977

染色体: Chr07 坐标: 7109618-7113968 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000977
名称SmilChr07G000977
描述serine/threonine-protein kinase STY13-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向7109618 - 7113968 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992145
GeneID130992145
locus_tag-
NCBI NameLOC130992145
原始查询SmilChr07G000977

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine/threonine-protein kinase STY13-like
产物serine/threonine-protein kinase STY13-like
ArabidopsisAT3G01490 (AT3G01490)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821136]
identity=86.9; qcov=0.884; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0641000
-
identity=87; qcov=0.887; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF14531 (Kinase-like); PF17667 (Pkinase_fungal)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992145

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057772656.1
2 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057772656.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057772655.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772655.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772655.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:7110120 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B52,B98,C55,C83,D5
Chr7:7110125 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 13 A3,A5,A7,A8,B110,B112,B122,B23,B81,C58,C70,C72,C79
Chr7:7110263 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B52,B98,C55,C83,D5
Chr7:7110320 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr7:7110326 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 28 A14,A9,B111,B114,B127,B135,B138,B140,B30,B31,B35,B48,B5,B51,B6,B64,B74,B84,B88,C24,C35,C36,C41,C50,C57,C67,C82,D11
Chr7:7110340 GCT G 2bp_deletion frameshift_variant 1 B118
Chr7:7110340 GCT G 2bp_deletion CDS_variant 1 B118
Chr7:7110571 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr7:7110780 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr7:7110791 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,B103,B17
Chr7:7113379 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,B101
Chr7:7113465 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B118,C53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772655.1
403 aa
N
1
202
403
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 79-273 aa PF00069 Pkinase 80-269 aa
XP_057772656.1
380 aa
N
1
190
380
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
Kinase-like
Pkinase_fungal
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 79-351 aa PF00069 Pkinase 80-349 aa PF14531 Kinase-like 188-297 aa PF17667 Pkinase_fungal 207-283 aa
XP_057772657.1
320 aa
N
1
160
320
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
Kinase-like
Pkinase_fungal
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 62-291 aa PF00069 Pkinase 64-289 aa PF14531 Kinase-like 128-237 aa PF17667 Pkinase_fungal 147-223 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772655.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 79 273 7.5e-35 121.2 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057772655.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 80 269 1e-34 120.8 Protein kinase domain
XP_057772656.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 79 351 2e-62 211.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057772656.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 80 349 7e-50 170.6 Protein kinase domain
XP_057772656.1 Pfam PF14531 Kinase-like Family 188 297 1.9e-06 28.1 Kinase-like
XP_057772656.1 Pfam PF17667 Pkinase_fungal Domain 207 283 6e-09 35.8 Fungal protein kinase
XP_057772657.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 62 291 3.9e-57 194.2 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057772657.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 64 289 1.1e-45 156.8 Protein kinase domain
XP_057772657.1 Pfam PF14531 Kinase-like Family 128 237 2e-06 28.0 Kinase-like
XP_057772657.1 Pfam PF17667 Pkinase_fungal Domain 147 223 2.4e-06 27.2 Fungal protein kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916673.1
TGTGCATGATTTCAGTCGCTTACGCTCCTACTCGTATAGTTGGTGCATTGATTTGTCGAATTCTCAAATTCAAACAAACATAATAATAATAATGTTTGGTCTGATGAAAATACAATTGGCCAGCGTGCACGGAACTATGAAAAGTCAAAGTTTAGATAAATACTGAAAAATGTAATACTACTTGGAAGAGTGTTGTTTGTTGTGTTCAGGCAATTCCATGTGCCCACATCTCACCTTTACATACACATACAATCTTCCTA...
XM_057916672.1
GAACTATGAAAAGTCAAAGTTTAGATAAATACTGAAAAATGTAATACTACTTGGAAGAGTGTTGTTTGTTGTGTTCAGGCAATTCCATGTGCCCACATCTCACCTTTACATACACATACAATCTTCCTACCTTCACCTCCAAACCAATTAATTGCTCCTTCTCTTATTCTCACCCTGCTCCCTCTAACTCAATCCAACAAAATACATACAGGTGTTTCTGTACGTATATCACGCTATTCTGGTGAAAAAAAGACAAACTT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130992145
ATGGAGAAAAGCAGCGATGGGTTTGTTCGAGCGGATCAGATCGATTTGAAGAGCTTGGATGAGCAGCTGGAGAGGCATTTGAACAGGGCGTGGACAATGGAGAAGAACAAGAGGAAGAATCAAGAAGATTACTCCACTGCCACCACCACCTCCGCCGCCGTCGCCCCCGCCACCACCACCACCGCCTCCCGAAGGCAGAGGCAGGAGTGGGAGATTGACCCCTCCAAGCTCATCATCAAGAGTGTCATCGCGCGTGGCAC...
LOC130992145
ATGCCTGTTTCCTGGGGTGGTTGTGTGGGGTGGGTGGGGGTGGGGTTTGGAGGTTGTAGACTAGAAAAATCAATGCCTTCTTATGGAGTCCGTGACTCATGGCACGGGTTTGGATTGAATTGTGAAGTTAAACTGTTGGACTGGGGAGAAGAGGGCCACAGGACAGAAGCTGAAATACAAGCCCTAAGGGCAGCATTTACTCAAGAAGTTGTCGTGTGGCACAAACTTGATCATCCTAATGTAACAAAGTTTATAGGGGC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057772655.1
MEKSSDGFVRADQIDLKSLDEQLERHLNRAWTMEKNKRKNQEDYSTATTTSAAVAPATTTTASRRQRQEWEIDPSKLIIKSVIARGTFGTVHRGVYDGQDVAVKLLDWGEEGHRTEAEIQALRAAFTQEVVVWHKLDHPNVTKFIGATMGATDLNIQTENGHIGMPSNICCVVVEYLPGGALKSYLIKNRRKKLAFKVVVQMALDLARGLSYLHSQKIVHRDVKTENMLLDKTRTVKIADFGVARVEASNPNDMTGETGT...
XP_057772656.1
MEKSSDGFVRADQIDLKSLDEQLERHLNRAWTMEKNKRKNQEDYSTATTTSAAVAPATTTTASRRQRQEWEIDPSKLIIKSVIARGTFGTVHRGVYDGQDVAVKLLDWGEEGHRTEAEIQALRAAFTQEVVVWHKLDHPNVTKFIGATMGATDLNIQTENGHIGMPSNICCVVVEYLPGGALKSYLIKNRRKKLAFKVVVQMALDLARGLSYLHSQKIVHRDVKTENMLLDKTRTVKIADFGVARVEASNPNDMTGETGT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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