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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000978

染色体: Chr07 坐标: 7115917-7121423 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000978
名称SmilChr07G000978
描述NADPH:adrenodoxin oxidoreductase, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向7115917 - 7121423 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992134
GeneID130992134
locus_tag-
NCBI NameLOC130992134
原始查询SmilChr07G000978

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述NADPH:adrenodoxin oxidoreductase, mitochondrial
产物NADPH:adrenodoxin oxidoreductase%2C mitochondrial
ArabidopsisAT4G32360 (AT4G32360)
Pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829370]
identity=66.3; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0277600 (OsISC21)
-
identity=67.2; qcov=0.955; evalue=0; confidence=high
GOGO:0016491 (oxidoreductase activity)
KEGG-
PfamPF07992 (Pyr_redox_2); PF13450 (NAD_binding_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992134

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057772638.1
2 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.80000 XP_057772638.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772638.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772638.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772638.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:7116379 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,B81
Chr7:7118785 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B139,C73
Chr7:7118799 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B108,B75
Chr7:7118839 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr7:7119880 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B14,C77,D6
Chr7:7120638 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C77,D6
Chr7:7120644 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C77,D6
Chr7:7120908 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C77,D6
Chr7:7121038 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,B107

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772638.1
489 aa
N
1
244
489
Pyr_redox_2
NAD_binding_8
C
PF07992 Pyr_redox_2 23-182 aa PF13450 NAD_binding_8 26-70 aa
XP_057772639.1
486 aa
N
1
243
486
Pyr_redox_2
NAD_binding_8
C
PF07992 Pyr_redox_2 23-182 aa PF13450 NAD_binding_8 26-70 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772638.1 Pfam PF07992 Pyr_redox_2 Domain 23 182 1.1e-07 32.3 Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
XP_057772638.1 Pfam PF13450 NAD_binding_8 Domain 26 70 2.9e-06 28.2 NAD(P)-binding Rossmann-like domain
XP_057772639.1 Pfam PF07992 Pyr_redox_2 Domain 23 182 1e-07 32.4 Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
XP_057772639.1 Pfam PF13450 NAD_binding_8 Domain 26 70 3.4e-06 28.0 NAD(P)-binding Rossmann-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916655.1
GAGCGATTTTTCTTGAAAATTTGTAGAACCTCCTCCAGCAAAAACAACGCTAGTTTGAAGTTCCAATCTATTTATTCGCTGAAAATGACGAGTTTTGTAAAAATCAGATGGATTGCAAGAAGCTTTTCGACAATCTCTTCGTCCCCTTTGCGCATATGTGTAGTAGGTAGTGGGCCTGCGGGGTTTTACACAGCTGAGAAGCTTTTGAAGGCGCATGAAAGAATTGAAGTTGATATAATCGATCGGCTGCCAACTCCCTT...
XM_057916656.1
GAGCGATTTTTCTTGAAAATTTGTAGAACCTCCTCCAGCAAAAACAACGCTAGTTTGAAGTTCCAATCTATTTATTCGCTGAAAATGACGAGTTTTGTAAAAATCAGATGGATTGCAAGAAGCTTTTCGACAATCTCTTCGTCCCCTTTGCGCATATGTGTAGTAGGTAGTGGGCCTGCGGGGTTTTACACAGCTGAGAAGCTTTTGAAGGCGCATGAAAGAATTGAAGTTGATATAATCGATCGGCTGCCAACTCCCTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130992134
ATGACGAGTTTTGTAAAAATCAGATGGATTGCAAGAAGCTTTTCGACAATCTCTTCGTCCCCTTTGCGCATATGTGTAGTAGGTAGTGGGCCTGCGGGGTTTTACACAGCTGAGAAGCTTTTGAAGGCGCATGAAAGAATTGAAGTTGATATAATCGATCGGCTGCCAACTCCCTTCGGATTGGTTCGGTCCGGCGTCGCGCCGGACCATCCTGAAACAAAGGTAGTGATCAATCAATTCTCACGTGTTGCACAAAATGA...
LOC130992134
ATGACGAGTTTTGTAAAAATCAGATGGATTGCAAGAAGCTTTTCGACAATCTCTTCGTCCCCTTTGCGCATATGTGTAGTAGGTAGTGGGCCTGCGGGGTTTTACACAGCTGAGAAGCTTTTGAAGGCGCATGAAAGAATTGAAGTTGATATAATCGATCGGCTGCCAACTCCCTTCGGATTGGTTCGGTCCGGCGTCGCGCCGGACCATCCTGAAACAAAGGTAGTGATCAATCAATTCTCACGTGTTGCACAAAATGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057772638.1
MTSFVKIRWIARSFSTISSSPLRICVVGSGPAGFYTAEKLLKAHERIEVDIIDRLPTPFGLVRSGVAPDHPETKVVINQFSRVAQNERCSFFGNVSLGSSVTLPELRDLYNAVVLAYGAESDRSLGIPKEELAGIYAAREFVWWYNGHPDCRSLSPDLKSSDTAVILGQGNVALDVARILLRPTEELARTDIASHALAALEESSIRKVFLVGRRGPVQAACTAKELREILGIKDLGVYIKEADLVTTPTDEIEMKNSRIR...
XP_057772639.1
MTSFVKIRWIARSFSTISSSPLRICVVGSGPAGFYTAEKLLKAHERIEVDIIDRLPTPFGLVRSGVAPDHPETKVVINQFSRVAQNERCSFFGNVSLGSSVTLPELRDLYNAVVLAYGAESDRSLGIPKEELAGIYAAREFVWWYNGHPDCRSLSPDLKSSDTAVILGQGNVALDVARILLRPTEELARTDIASHALAALEESSIRKVFLVGRRGPVQAACTAKELREILGIKDLGVYIKEADLVTTPTDEIEMKNSRIR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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