当前解析结果
SmilChr07G000980| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000980 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000980 |
| 描述 | eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 7126875 - 7132382 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130992164 |
|---|---|
| GeneID | 130992164 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992164 |
| 原始查询 | SmilChr07G000980 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta-like |
| 产物 | eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta-like |
| Arabidopsis | AT5G20920 (EIF2 BETA)eukaryotic translation initiation factor 2 beta subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832216] identity=75.7; qcov=0.978; evalue=1.66e-132; confidence=high |
| Rice | Os03g0333300- identity=77.7; qcov=1; evalue=6.5e-139; confidence=high |
| GO | GO:0001731 (formation of translation preinitiation complex); GO:0001732 (formation of cytoplasmic translation initiation complex); GO:0003729 (mRNA binding); GO:0003743 (translation initiation factor activity); GO:0005850 (eukaryotic translation initiation factor 2 complex); GO:0006413 (translational initiation); GO:0031369 (translation initiation factor binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01873 (eIF-5_eIF-2B) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992164 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057772682.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057772682.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057772682.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057772682.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057772682.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:7129758 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B104,B108,B75 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772682.1PF01873
eIF-5_eIF-2B 142-251 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772682.1 |
Pfam | PF01873 |
eIF-5_eIF-2B | Family | 142 | 251 | 1.1e-40 | 138.8 | Domain found in IF2B/IF5 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。