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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000986

染色体: Chr07 坐标: 7182615-7184844 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000986
名称SmilChr07G000986
描述transcription factor bHLH168-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向7182615 - 7184844 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992180
GeneID130992180
locus_tag-
NCBI NameLOC130992180
原始查询SmilChr07G000986

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription factor bHLH168-like
产物transcription factor bHLH168-like
ArabidopsisAT1G10586 (AT1G10586)
basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:6240488]
identity=36.4; qcov=0.93; evalue=6.88e-22; confidence=medium
RiceOs01g0108600 (P0482C06.23-1)
-
identity=37.5; qcov=1.03; evalue=7.42e-32; confidence=medium
GOGO:0000977 (RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding); GO:0000981 (DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific); GO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II); GO:0046983 (protein dimerization activity); GO:0090575 (RNA polymerase II transcription regulator complex)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992180

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057772711.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772711.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772711.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057772711.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057772711.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:7182972 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A1
Chr7:7183307 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr7:7183367 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C77,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916728.1
TATCGAAAAGACCCAACATGTTTCGTTTGTTTCCTTGCAAGTATGAAGACGAGCTGCAGAACTGCGGCGCACAAATTCGGCTCCAAAGTCAGGCCCTCGGTGGACCTACTCCTCTTTGAAAAAATTAATTACGCGGAAATCTCTTAGATATTTCATCAAGATCCTCTCTCTCTCTCTATATATATATATATATGTCTTTGATATTTTGAAGTCTTGATACTTTGAAAAAGCTGTTTGAAAGTCTTTCTTGTAATAACCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992180
ATGAAGCGGAGCGAGATGAATTCCAAGAACAAACTAGAGAGGAAGACTATCGAAAAGAATCGAAGGATTCGAATGAAAGCTCTTGGTTTCAAGCTTGTTTCCATCATTCCAGATAGACATCTCACACAACCCAAGGAATTCTTGACACACCTAGATCAGATAGATGAAGCAGCTGCTTACATCAAGACTATGAGAGAGAGGATAGATGGACTTAAGAGAAGAAAGGCACAACTACTGATGAACTCCGGCGCGACGGAGTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772711.1
MKRSEMNSKNKLERKTIEKNRRIRMKALGFKLVSIIPDRHLTQPKEFLTHLDQIDEAAAYIKTMRERIDGLKRRKAQLLMNSGATECVAKTAAEDCSGSELPILTVRALGHGVEVMLVSGQRKNFMLSQVISVIEEEAAQVLSVNISRVGDNVVHTLHAQVKISRVGVDTSRISDRLHEMISSRAH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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