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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000987

染色体: Chr07 坐标: 7190332-7190859 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000987
名称SmilChr07G000987
描述uncharacterized SmilChr07G000987
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向7190332 - 7190859 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993762
GeneID130993762
locus_tag-
NCBI NameLOC130993762
原始查询SmilChr07G000987

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os02g0118800; species=rice; confidence=low
产物hit=Os02g0118800; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT4G29090 (AT4G29090)
Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829030]
identity=29.8; qcov=0.691; evalue=2.38e-08; confidence=low
RiceOs02g0118800
-
identity=27.4; qcov=0.874; evalue=3.82e-10; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF13966 (zf-RVT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993762

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057774783.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057774783.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774783.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774783.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057774783.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:7190455 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A24,C73
Chr7:7190479 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B107,B108,B29,C35,C87
Chr7:7190492 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,B19,C41,C87
Chr7:7190590 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B32,C63
Chr7:7190594 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B79,B8,C17,C64
Chr7:7190653 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16
Chr7:7190735 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr7:7190752 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B38

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774783.1
175 aa
N
1
88
175
zf-RVT
C
PF13966 zf-RVT 57-148 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774783.1 Pfam PF13966 zf-RVT Domain 57 148 1.4e-19 71.2 zinc-binding in reverse transcriptase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918800.1
ATGGGTATGGTGAAAGAAGGGAAGTGGGTCTGGGAGTTTGGGTGGAAAAGAATATTTAACAATGTTGAGTTTGTAGAATTTGTGGATTTGTGGCTTTGTTTGTGCAGGGTGTTTATTCGACCTGGCTTGGCTGATTCTATTGCTTGGAATAGCTCGCGGTCAGAAATCTTCACAACAAAAGAGATGTACACAATCCTTCACAATAGCCGGCAATCCATGGAGACCACCCCGAATGCTCTTAAGGACATATGGCATAAATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993762
ATGGGTATGGTGAAAGAAGGGAAGTGGGTCTGGGAGTTTGGGTGGAAAAGAATATTTAACAATGTTGAGTTTGTAGAATTTGTGGATTTGTGGCTTTGTTTGTGCAGGGTGTTTATTCGACCTGGCTTGGCTGATTCTATTGCTTGGAATAGCTCGCGGTCAGAAATCTTCACAACAAAAGAGATGTACACAATCCTTCACAATAGCCGGCAATCCATGGAGACCACCCCGAATGCTCTTAAGGACATATGGCATAAATG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774783.1
MGMVKEGKWVWEFGWKRIFNNVEFVEFVDLWLCLCRVFIRPGLADSIAWNSSRSEIFTTKEMYTILHNSRQSMETTPNALKDIWHKCIPCKVSSFVWKALQDRIPTRENLLKRRIFLENNCYSCPLCPALFESTDHILISCAYSNQVWKAIYKWLNFSYIPQSSILDHFCEFVEK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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