当前解析结果
SmilChr07G000992| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000992 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000992 |
| 描述 | glutathione S-transferase T3-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 7224621 - 7227286 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130993764 |
|---|---|
| GeneID | 130993764 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993764 |
| 原始查询 | SmilChr07G000992 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | glutathione S-transferase T3-like |
| 产物 | glutathione S-transferase T3-like |
| Arabidopsis | AT5G41220 (GSTT3)glutathione S-transferase THETA 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834124] identity=31.4; qcov=0.721; evalue=4.66e-17; confidence=low |
| Rice | Os12g0228500- identity=36.9; qcov=0.834; evalue=1.17e-33; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF14303 (NAM-associated) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993764 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057774784.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057774784.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057774784.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057774784.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057774784.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:7225744 |
GGA |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | D10 |
Chr7:7225744 |
GGA |
G |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr7:7225755 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A9,C16,D3,D7 |
Chr7:7225785 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B1 |
Chr7:7225822 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B38,B39,C13 |
Chr7:7225870 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 11 | A21,B10,B119,B29,B5,B71,B95,C15,C54,C56,C87 |
Chr7:7225872 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C53 |
Chr7:7225875 |
C |
CTT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 11 | A21,B10,B119,B29,B5,B71,B95,C15,C54,C56,C87 |
Chr7:7225891 |
G |
GAC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 11 | A21,B10,B119,B29,B5,B71,B95,C15,C54,C56,C87 |
Chr7:7225899 |
ATC |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 11 | A21,B10,B119,B29,B5,B71,B95,C15,C54,C56,C87 |
Chr7:7225913 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | B56,C75 |
Chr7:7225913 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B56,C75 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057774784.1PF14303
NAM-associated 147-254 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057774784.1 |
Pfam | PF14303 |
NAM-associated | Family | 147 | 254 | 6.8e-11 | 44.0 | No apical meristem-associated C-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。