Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000996`

染色体: Chr07 坐标: 7245704-7246504 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000996`
名称	SmilChr07G000996
描述	uncharacterized SmilChr07G000996
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	7245704 - 7246504 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993766`
GeneID	`130993766`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993766`
原始查询	`SmilChr07G000996`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	membrane-associated kinase regulator, putative (DUF1645) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836398]; symbol=AT5G62770; hit=AT5G62770; species=arabidopsis; confidence=low
产物	membrane-associated kinase regulator, putative (DUF1645) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836398]; symbol=AT5G62770; hit=AT5G62770; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT5G62770` (AT5G62770) membrane-associated kinase regulator, putative (DUF1645) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836398] identity=31.9; qcov=1.13; evalue=8.47e-18; confidence=low
Rice	`Os01g0639600` - identity=31.2; qcov=0.891; evalue=5.73e-16; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF07816 (DUF1645)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993766

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.60000	`XP_057774787.1`
2	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057774787.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057774787.1`
4	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057774787.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057774787.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:7245753`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B41,C10,C42
`Chr7:7245798`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B16,B80,C28,C37,C61
`Chr7:7245839`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A13,B12,B55,C70
`Chr7:7245890`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B115,B20
`Chr7:7245923`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B14
`Chr7:7246105`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C26
`Chr7:7246206`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B41,C10,C42
`Chr7:7246232`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B118,C53
`Chr7:7246292`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C26
`Chr7:7246307`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B1,B103,B68,C86,C87
`Chr7:7246393`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B123,B128,B136
`Chr7:7246480`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774787.1

266 aa

133

266

DUF1645

PF07816 DUF1645 76-218 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057774787.1`	Pfam	`PF07816`	DUF1645	Family	76	218	1.1e-22	82.4	Protein of unknown function (DUF1645)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057918804.1
ATGCAGGTGACTACGGCACTATCACTCTCCCCCAGCTTCAGCAGCTATAGCAAAGTCTCCGAAATCGCAGCTCGGACTGTCGATGAATTCGATTCCGATGAATTCTCCGACGAGTGTCTTTTAGACGAGAGGAAAACTTCAGCAGCGCAACGAGGCGATGAAAACGAGGAAGAATTCGAGTTCTCGATGACATCAAGGGATTCGGAATTGCCGTCGCAGACTTCCGCCGACGACATTTTCCAAAACGGTAAGATCCGACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993766
ATGCAGGTGACTACGGCACTATCACTCTCCCCCAGCTTCAGCAGCTATAGCAAAGTCTCCGAAATCGCAGCTCGGACTGTCGATGAATTCGATTCCGATGAATTCTCCGACGAGTGTCTTTTAGACGAGAGGAAAACTTCAGCAGCGCAACGAGGCGATGAAAACGAGGAAGAATTCGAGTTCTCGATGACATCAAGGGATTCGGAATTGCCGTCGCAGACTTCCGCCGACGACATTTTCCAAAACGGTAAGATCCGACC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057774787.1
MQVTTALSLSPSFSSYSKVSEIAARTVDEFDSDEFSDECLLDERKTSAAQRGDENEEEFEFSMTSRDSELPSQTSADDIFQNGKIRPVYSVFSRDFLLGRVKVQNEIGKENSVRGSVTPKIRLPLRKLFLEERETAITMSPSSLEEADELDGVAAVTYCVWPPKAAEAEEEGRCKKSSSAGCNSKRWKLKDFLHRSHSHGSENDFVDSKENEKKSAETPADGGKVGAVAPPHNLNGGEKQRSYLRYGHDLAGLFGDVTLR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器