当前解析结果
SmilChr07G001003| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001003 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001003 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G001003 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 7288268 - 7291499 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130992147 |
|---|---|
| GeneID | 130992147 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992147 |
| 原始查询 | SmilChr07G001003 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os10g0492800; species=rice; confidence=high |
| 产物 | hit=Os10g0492800; species=rice; confidence=high |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os10g0492800- identity=56.3; qcov=0.939; evalue=4.11e-137; confidence=high |
| GO | GO:0016787 (hydrolase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00149 (Metallophos) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992147 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057772658.1 |
| 2 | Chloroplast stroma | 叶绿体基质 | 1.00000 | XP_057772658.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057772658.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057772658.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057772658.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:7288524 |
TAA |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B72 |
Chr7:7288524 |
TAA |
T |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B72 |
Chr7:7288629 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C46 |
Chr7:7288654 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B101,B13,B44 |
Chr7:7289268 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B14 |
Chr7:7289427 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B96 |
Chr7:7289427 |
GC |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B96 |
Chr7:7289772 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C16 |
Chr7:7289773 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C16 |
Chr7:7290268 |
TA |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C25 |
Chr7:7290268 |
TA |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C25 |
Chr7:7290415 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B74 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772658.1PF00149
Metallophos 64-148 aa
XP_057772659.1PF00149
Metallophos 64-283 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772658.1 |
Pfam | PF00149 |
Metallophos | Domain | 64 | 148 | 1.4e-08 | 36.2 | Calcineurin-like phosphoesterase |
XP_057772659.1 |
Pfam | PF00149 |
Metallophos | Domain | 64 | 283 | 3.8e-09 | 38.0 | Calcineurin-like phosphoesterase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。