当前解析结果
SmilChr07G001016| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001016 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001016 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G001016 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 7374576 - 7376996 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130992190 |
|---|---|
| GeneID | 130992190 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992190 |
| 原始查询 | SmilChr07G001016 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | SNARE-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844389]; symbol=AT1G80500; hit=AT1G80500; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | SNARE-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844389]; symbol=AT1G80500; hit=AT1G80500; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT1G80500 (AT1G80500)SNARE-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844389] identity=88.9; qcov=1; evalue=2.67e-89; confidence=high |
| Rice | Os02g0613600- identity=85.2; qcov=1; evalue=3.86e-87; confidence=high |
| GO | GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006888 (endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport); GO:0030008 (TRAPP complex) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04628 (Sedlin_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992190 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057772722.1 |
| 2 | Cytoplasmic vesicle | 细胞质囊泡 | 0.60000 | XP_057772722.1 |
| 3 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.60000 | XP_057772722.1 |
| 4 | Vesicle | 囊泡 | 0.60000 | XP_057772722.1 |
| 5 | Trans-golgi network | Trans-golgi network | 0.20000 | XP_057772722.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:7375092 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 30 | A20,A24,B1,B105,B106,B11,B118,B123,B132,B17,B19,B27,B31,B38,B48,B49,B53,B64,B8,B93,B98,C10,C12,C24,C29,C32,C47,C5,C66,D5 |
Chr7:7376729 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A8,B103,B107 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772722.1PF04628
Sedlin_N 9-133 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772722.1 |
Pfam | PF04628 |
Sedlin_N | Family | 9 | 133 | 4.8e-43 | 147.1 | Sedlin |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。