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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001020

染色体: Chr07 坐标: 7419070-7420657 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001020
名称SmilChr07G001020
描述uncharacterized SmilChr07G001020
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向7419070 - 7420657 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992156
GeneID130992156
locus_tag-
NCBI NameLOC130992156
原始查询SmilChr07G001020

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述aspartate-glutamate racemase family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838111]; symbol=AT1G15410; hit=AT1G15410; species=arabidopsis; confidence=high
产物aspartate-glutamate racemase family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838111]; symbol=AT1G15410; hit=AT1G15410; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G15410 (AT1G15410)
aspartate-glutamate racemase family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838111]
identity=50; qcov=0.822; evalue=9.47e-88; confidence=high
RiceOs01g0555200
-
identity=45.8; qcov=0.898; evalue=2.25e-71; confidence=high
GOGO:0006807 (GO:0006807); GO:0036361 (GO:0036361)
KEGG-
PfamPF01177 (Asp_Glu_race)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992156

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 0.80000 XP_057772667.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057772667.1
3 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057772667.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772667.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772667.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:7419526 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B132
Chr7:7419724 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B44,B80,C37
Chr7:7419726 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,B93,C86,C87
Chr7:7419993 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B61,B91,C31,C60
Chr7:7420077 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr7:7420423 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B114,B44,B69,D11
Chr7:7420465 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,B76,C27

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772667.1
304 aa
N
1
152
304
Asp_Glu_race
C
PF01177 Asp_Glu_race 132-289 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772667.1 Pfam PF01177 Asp_Glu_race Family 132 289 4.3e-16 60.1 Asp/Glu/Hydantoin racemase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916684.1
TGGATAATGTGTCGTGTTAAATGAGGGAGACAACTCTTGCTTTTGGTCATTAAATCTCGTATTTCAATTCATTAGTACAAAAAGATGCGGGCAAAATGAAATACGAGATTGGAAAACAATTGCTAGTAAAGGACCACAATTTTTTATTTTATTTTCGTGTATCCTTATATGTACGAGGTTTCTCTCATTTCTGCTGTGATATCATGATTGACTATGACCTTACCCTTCAATAACCAATCATATTGAAACATCTACACAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992156
ATGTCGTTTTTCCAGACGTTCATTTGTTCACCTAGCATGCACTGTTTCATACCTAGAGACACGATGCACAGGAAAGGGAAACAAAAACGAGCAATGATGAGACTTACAGCGTCGTCGATCATCCATCAAGGTGAAGAATTCCACACTCCAGCAGCTCTCAGTGATCCAACCAATGTTATAGGGATACTTGGAGGTGATTCCAGTCTGATTTTCGCCAAGAAACTCGTTGATCACGAAACAGAGCTGCCATTCATCCTCTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772667.1
MSFFQTFICSPSMHCFIPRDTMHRKGKQKRAMMRLTASSIIHQGEEFHTPAALSDPTNVIGILGGDSSLIFAKKLVDHETELPFILCMEPVLRNELLLLQKGPFRCLSGKPERVHIDHSLVVEKLRCKRAILEKCGVCCIVMPCHVLQCWHDEIEEGCSVPFIHMGESVAEELKEAKLRPIEAGSALSIGVLATNSSLVTRMYQQKLENEGFEVLIPDSNTLKHIVMPAVEALSQKDFVGATNLLRISLHILLVRAVNRI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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