当前解析结果
SmilChr07G001023| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001023 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001023 |
| 描述 | late embryogenesis abundant protein 29-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 7436791 - 7438337 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130992193 |
|---|---|
| GeneID | 130992193 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992193 |
| 原始查询 | SmilChr07G001023 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | late embryogenesis abundant protein 29-like |
| 产物 | late embryogenesis abundant protein 29-like |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF27970 (LEA1_2_D7_KIN2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992193 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057772725.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057772725.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057772725.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057772725.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057772725.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:7437083 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B44 |
Chr7:7437104 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B14 |
Chr7:7437334 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr7:7437470 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B49 |
Chr7:7438229 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
Chr7:7438232 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B110,C60,C79,D7 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772725.1PF27970
LEA1_2_D7_KIN2 12-54 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772725.1 |
Pfam | PF27970 |
LEA1_2_D7_KIN2 | Family | 12 | 54 | 5.4e-14 | 53.3 | LEA protein 1/2/D7/Stress-induced protein KIN2 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。