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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001032

染色体: Chr07 坐标: 7538802-7540314 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001032
名称SmilChr07G001032
描述uncharacterized SmilChr07G001032
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向7538802 - 7540314 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993774
GeneID130993774
locus_tag-
NCBI NameLOC130993774
原始查询SmilChr07G001032

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述multiprotein bridging factor 1B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825037]; symbol=MBF1B; hit=AT3G58680; species=arabidopsis; confidence=low
产物multiprotein bridging factor 1B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825037]; symbol=MBF1B; hit=AT3G58680; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT3G58680 (MBF1B)
multiprotein bridging factor 1B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825037]
identity=61.3; qcov=0.324; evalue=1.72e-44; confidence=low
RiceOs08g0366100 (Edf)
-
identity=62.9; qcov=0.324; evalue=5.6e-38; confidence=low
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0005634 (nucleus)
KEGG-
PfamPF08523 (MBF1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993774

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057774794.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057774794.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774794.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774794.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774794.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:7538814 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 16 B12,B123,B124,B136,B66,B98,C14,C17,C22,C24,C26,C29,C5,C55,C69,D4
Chr7:7538816 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B40,C62
Chr7:7538863 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A1
Chr7:7538870 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:7538885 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 2 B57,B61
Chr7:7538885 CT C 1bp_deletion CDS_variant 2 B57,B61
Chr7:7538890 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 2 B57,B61
Chr7:7538890 G GC 1bp_insertion CDS_variant 2 B57,B61
Chr7:7538896 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 2 B57,B61
Chr7:7538896 G GA 1bp_insertion CDS_variant 2 B57,B61
Chr7:7538904 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 2 B57,B66
Chr7:7538904 AG A 1bp_deletion CDS_variant 2 B57,B66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774794.1
383 aa
N
1
192
383
MBF1
C
PF08523 MBF1 137-207 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774794.1 Pfam PF08523 MBF1 Family 137 207 3.1e-21 76.3 Multiprotein bridging factor 1

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918811.1
AAAATATAAACAAAGTCAGAAATAGCAGAAAAACAAAGTCAGAAATAGCAGCAAATTCAGTCAAAAGTTAACCAAAATCCCTGAAGATCGGCTACCTTGTATGACTTTGTAGCTCTTCAAAACGTACACTTATACTATAAATCAGAGGATGATTGTAATGAAAAATATCAAGAAATACAATAACAATCATTTGCTTCTCTTTATCTTTCTCTATGCATTATGATAATACCATGTTCTAACATGGTATCAGAGCAGGTTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993774
ATGGATCGAACTTACCCAAATCCACTCGACTGGTGTGAAGAAGGAACCAATAAGCACCCAAAACTGATCGGAAATCACCGATTATTTCAGTTCCTCCCTGGATTAGATGGGAGATACGACAAACTTTGTCGGGACATTCTCAAGAAAGTTCCCGTTCCCTCAGTCGAGTCGGCGTTCTCAAAAGTGAGAAGGGAGGCCGCCCGACTACAAAACTTGCAGCCGGCAACCAACCGCTCCGACATCGACGTCTCATCATCGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774794.1
MDRTYPNPLDWCEEGTNKHPKLIGNHRLFQFLPGLDGRYDKLCRDILKKVPVPSVESAFSKVRREAARLQNLQPATNRSDIDVSSSGGVEAGLAATHRRCLRGQRRRCGFAQDGGEFVQADDTVAVGVGLLHPGISQDWEPVVIRKKAPTSAARKDEKAVNAVRRVGAEIETVKKSNAGTNKAASSSTSLNTRKLDEDSENLTHDKVINEKPQIIKEYQSGKAIPNQQIISKLGGLLHHVAELAIGEGVAHLGHLTGEFG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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