Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001039`

染色体: Chr07 坐标: 7614746-7617946 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001039`
名称	SmilChr07G001039
描述	putative late blight resistance protein homolog R1B-17
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	7614746 - 7617946 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992208`
GeneID	`130992208`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992208`
原始查询	`SmilChr07G001039`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative late blight resistance protein homolog R1B-17
产物	putative late blight resistance protein homolog R1B-17
Arabidopsis	`AT3G46530` (RPP13) NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823806] identity=33.1; qcov=0.722; evalue=1.3e-60; confidence=low
Rice	`Os07g0186500` - identity=39.4; qcov=0.573; evalue=4.1e-69; confidence=medium
GO	GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG	-
Pfam	PF00931 (NB-ARC); PF23559 (WHD_DRP)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992208

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057772745.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057772745.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057772745.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057772745.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057772745.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:7615986`	`T`	`TAA`	2bp_insertion	frameshift_variant	37	A19,A23,A6,B106,B108,B109,B11,B115,B117,B12,B120,B127,B131,B22,B3,B34,B37,B4,B40,B52,B57,B85,B99,C15,C26,C40,C49,C50,C52,C6,C63,C75,C79,D10,D2,D6,D7
`Chr7:7615995`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	37	A19,A23,A6,B106,B108,B109,B11,B115,B117,B12,B120,B127,B131,B22,B3,B34,B37,B4,B40,B52,B57,B85,B99,C15,C26,C40,C49,C50,C52,C6,C63,C75,C79,D10,D2,D6,D7
`Chr7:7616001`	`C`	`CTT`	2bp_insertion	frameshift_variant	34	A19,A23,A6,B106,B108,B11,B115,B117,B12,B120,B127,B131,B22,B3,B34,B37,B4,B40,B52,B57,B85,B99,C15,C26,C40,C50,C52,C6,C63,C79,D10,D2,D6,D7
`Chr7:7616227`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C4,D10
`Chr7:7616342`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr7:7616362`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	43	A15,A16,A20,A7,B102,B107,B110,B124,B134,B138,B140,B22,B28,B30,B35,B4,B47,B50,B51,B57,B72,B75,B76,B78,B80,B82,B84,B89,C11,C22,C28,C37,C39,C43,C44,C47,C55,C58,C6,C69,C84,C85,D3
`Chr7:7616639`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B136,C29,C4
`Chr7:7616698`	`A`	`AAT`	2bp_insertion	frameshift_variant	95	A11,A13,A14,A16,A19,A20,A24,A3,A7,B10,B102,B103,B105,B109,B11,B110,B111,B112,B118,B123,B124,B128,B13,B134,B136,B140,B16,B17,B25,B26,B27,B28,B30,B32,B35,B36,B38,B39,B43,B5,B59,B6,B63,B64,B65,B7,B76,B77,B79,B84,B86,B87,B90,B91,B92,B94,B98,C1,C11,C16,C17,C18,C21,C25,C28,C29,C30,C32,C34,C37,C39,C45,C48,C49,C5,C61,C63,C64,C66,C67,C68,C69,C7,C71,C76,C77,C8,C80,C83,C84,C85,D5,D6,D8,D9
`Chr7:7616699`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B104
`Chr7:7616699`	`A`	`AG`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B104
`Chr7:7616701`	`GGT`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	95	A11,A13,A14,A16,A19,A20,A24,A3,A7,B10,B102,B103,B105,B109,B11,B110,B111,B112,B118,B123,B124,B128,B13,B134,B136,B140,B16,B17,B25,B26,B27,B28,B30,B32,B35,B36,B38,B39,B43,B5,B59,B6,B63,B64,B65,B7,B76,B77,B79,B84,B86,B87,B90,B91,B92,B94,B98,C1,C11,C16,C17,C18,C21,C25,C28,C29,C30,C32,C34,C37,C39,C45,C48,C49,C5,C61,C63,C64,C66,C67,C68,C69,C7,C71,C76,C77,C8,C80,C83,C84,C85,D5,D6,D8,D9
`Chr7:7616779`	`A`	`AGC`	2bp_insertion	frameshift_variant	3	B36,C32,C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772745.1

607 aa

304

607

NB-ARC

WHD_DRP

PF00931 NB-ARC 154-314 aa PF23559 WHD_DRP 398-468 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057772745.1`	Pfam	`PF00931`	NB-ARC	Domain	154	314	4.6e-39	134.5	NB-ARC domain
`XP_057772745.1`	Pfam	`PF23559`	WHD_DRP	Domain	398	468	1e-18	67.8	Disease resistance protein Winged helix domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057916762.1
GAAAAATCTTTAGTTGTGAAATGAGGATAGGTGCTGTAGAGCTGGTGGCTCGGACGGATGGAGTCCACCTGCGAGCCCAGAAGCTTGGCTCACGGCTGTAAATGATCTAAAATTTGTTTAGGAAGAAAAAAAGAAAAAGAAAAAGAAAAAGAAAAAGAGAAAGAGAAAAATGAAATCATAAAAAGCGAGGGACAGAGAGAATCCCACTCGGGTAATGGTATTATGGTACCAAGTAAATTTCAACAATTGAAGCTACTTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992208
ATGGCAGCTTACGCAGCTCTAGTTTCCCTTATGAATGATTTGGAGCTCATTCCCAATCATCCCACCCATTCCTTTTCCTTTGACAACAAACAGATCACTTCCCTTTCCCAAACTCTCCATTTCTTGATCGATTTTATGGAAACCTACGATTCTCATGGCTGCACCAGAGAATCTGCTGACAGTTTGGAGAGCCGAATCGCATCTTCGGCTCATGCGGCTCACGATGTGATCGAGTCCCATGTAGTCGATCAACTTCACGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057772745.1
MAAYAALVSLMNDLELIPNHPTHSFSFDNKQITSLSQTLHFLIDFMETYDSHGCTRESADSLESRIASSAHAAHDVIESHVVDQLHAGSTLGGKATSYFLPDLQKAIDDMDFVKREAIQFKAKSGVKAEQPTYSAPTSSESVKSVMVGFDAAVVRLMEMLTGELSGHRVIPVVGMGGMGKTTLAKNVYDHLLIKQHFDIRLWATISQEYSVDNILTQLLSEKRKSNGDVCRLGEELHKMLWGRRYLIVLDDMWSVEAWDE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器