当前解析结果
SmilChr07G001045| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001045 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001045 |
| 描述 | plastidic ATP/ADP-transporter-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 7640341 - 7644122 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130992215 |
|---|---|
| GeneID | 130992215 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992215 |
| 原始查询 | SmilChr07G001045 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | plastidic ATP/ADP-transporter-like |
| 产物 | plastidic ATP/ADP-transporter-like |
| Arabidopsis | AT1G80300 (NTT1)nucleotide transporter 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844370] identity=77.0; qcov=0.993; evalue=0.0; confidence=high |
| Rice | Os02g0208100 (OsNTT2)- identity=83.84; qcov=0.803; evalue=0.0; confidence=high |
| GO | GO:0005471 (ATP:ADP antiporter activity); GO:0006862 (nucleotide transport); GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03219 (TLC) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992215 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | 五折投票比例 | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057772748.1 |
| 2 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 1.00000 | XP_057772748.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:7641196 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A2,B131,B56,B96,C14 |
Chr7:7641775 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B104,B23,B4,C27,C44 |
Chr7:7642511 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A11,B44,B57,C32,C68 |
Chr7:7642934 |
A |
ATT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B59,C17 |
Chr7:7642934 |
A |
ATT |
2bp_insertion | CDS_variant | 2 | B59,C17 |
Chr7:7642948 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B123,B128,B136,B32,B91 |
Chr7:7643157 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr7:7643165 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr7:7643203 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C4 |
Chr7:7643237 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 17 | A8,B100,B11,B139,B48,B57,B69,B72,B76,B79,C2,C23,C28,C38,C40,C43,C44 |
Chr7:7643291 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B122,B5,C32,C85,C87 |
Chr7:7643676 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B44,D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772748.1PF03219
TLC 98-568 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772748.1 |
Pfam | PF03219 |
TLC | Family | 98 | 568 | 4.5e-202 | 672.9 | TLC ATP/ADP transporter |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。