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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001050

染色体: Chr07 坐标: 7656583-7658524 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001050
名称SmilChr07G001050
描述molybdate transporter 2
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向7656583 - 7658524 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992219
GeneID130992219
locus_tag-
NCBI NameLOC130992219
原始查询SmilChr07G001050

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述molybdate transporter 2
产物molybdate transporter 2
ArabidopsisAT1G80310 (MOT2)
sulfate transmembrane transporter [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844371]
identity=71.5; qcov=0.935; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0645900 (OsSultr5)
-
identity=70.1; qcov=0.926; evalue=0; confidence=high
GOGO:0015098 (molybdate ion transmembrane transporter activity); GO:0015689 (molybdate ion transport)
KEGG-
PfamPF00916 (Sulfate_transp); PF16983 (MFS_MOT1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992219

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 1.00000 XP_057772752.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 1.00000 XP_057772752.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057772752.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772752.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772752.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:7656745 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C41
Chr7:7657060 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B39
Chr7:7657072 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C39,C5
Chr7:7657126 GCT G 2bp_deletion frameshift_variant 1 D6
Chr7:7657126 GCT G 2bp_deletion CDS_variant 1 D6
Chr7:7657524 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr7:7657606 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A25,B113,B130,C18
Chr7:7657691 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B137
Chr7:7657691 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 B137
Chr7:7657898 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B95
Chr7:7657898 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B95
Chr7:7657980 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B8,C42,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772752.1
462 aa
N
1
231
462
MFS_MOT1
Sulfate_transp
MFS_MOT1
C
PF16983 MFS_MOT1 39-154 aa PF00916 Sulfate_transp 50-399 aa PF16983 MFS_MOT1 278-396 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772752.1 Pfam PF16983 MFS_MOT1 Family 39 154 1.4e-61 206.7 Molybdate transporter of MFS superfamily
XP_057772752.1 Pfam PF00916 Sulfate_transp Family 50 399 2.5e-08 33.8 Sulfate permease family
XP_057772752.1 Pfam PF16983 MFS_MOT1 Family 278 396 1.4e-61 206.7 Molybdate transporter of MFS superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916769.1
TACAATAAAACAATCGTATAAAATTTGAGAAACTTCAACAGCTGCTATTCAGTTAGCGGCTCAGTGAACACTCTCTCTCACACACAACACGCAGTTACCAGACATGGCCGACGAGTCGCCGGAGGCCACATCCACCACCGTCCTCCTCAATCGCCACCTCGACGGGATGCGCCGCCGCGTCACTACCTCCCTCCGCCTCAAGACCTCCCTCTTCTCCGAGCTGAGCGGCGCCGTCGGTGACCTCGGCACCTACATCCCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992219
ATGGCCGACGAGTCGCCGGAGGCCACATCCACCACCGTCCTCCTCAATCGCCACCTCGACGGGATGCGCCGCCGCGTCACTACCTCCCTCCGCCTCAAGACCTCCCTCTTCTCCGAGCTGAGCGGCGCCGTCGGTGACCTCGGCACCTACATCCCCATCGTTCTCGCGCTGACGCTTGTTGTGAATCTCGATCTTTCCACCACCCTCATCTTCACCGCCTTCTACAACATCGCCACCGGCGTCCTCTTCGGCACCCCAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772752.1
MADESPEATSTTVLLNRHLDGMRRRVTTSLRLKTSLFSELSGAVGDLGTYIPIVLALTLVVNLDLSTTLIFTAFYNIATGVLFGTPMPVQPMKSIAAVAVTESAHLTVAQIAAAGICTASVLLFLGVTGLMSVLYRYLPLPVVRGVQLSQGLQFAFSAINYIRYNQNFSKTTSTSTSDPRPWLGLDGLVLALACLLFLTLTTGDGSGNASAVDQVSISRRRVQKRLRILSAIPSALILFLVGVVLCFIRDPSIFQDLKLG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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