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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001056

染色体: Chr07 坐标: 7703301-7704808 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001056
名称SmilChr07G001056
描述protein CDI-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向7703301 - 7704808 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992224
GeneID130992224
locus_tag-
NCBI NameLOC130992224
原始查询SmilChr07G001056

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein CDI-like
产物protein CDI-like
ArabidopsisAT1G64980 (CDI)
Nucleotide-diphospho-sugar transferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842806]
identity=70.2; qcov=0.996; evalue=9.73e-147; confidence=high
RiceOs10g0516400
-
identity=64.2; qcov=0.914; evalue=6.24e-123; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992224

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057772756.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057772756.1
3 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057772756.1
4 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057772756.1
5 Nuclear body 核内小体 0.20000 XP_057772756.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:7704172 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr7:7704173 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C69
Chr7:7704317 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,B44,C42,D6
Chr7:7704375 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B131,B136,B56,B96
Chr7:7704392 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C39,C5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916773.1
AAAATCACCGTCATCATAAATTCGCGCTCTCTCTTTCCACCGACGCCTGCGGTGCGCATCTCTCTCATATGTATTTCCTCTCTCTAAATCTACTGAATTTGCGCTCAAAATCTGCTATCCAAATTGACAAAGAAAAAACTGCATTTCAAGAAAATCACTTGACTCACAAATTTTCTTCACAAACAGAGCGAGATAAAAGAAAAGAATAAATAAAACATCCAATCTTGACGCTTTCTTCCACATCGAGCTCTACAGAACTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992224
ATGCCCAATTCCGTAGCAGAACCGCACCACTCAAACGGCGTCGCGGCAAATAACTCCGATCCGAAATCGAGCAACGGCACTGTGAGCCGCAAGCCGTTCAAGATTTTCATCGGCTATGATCCGCGCGAAGATCTCGCTTACGAAGTCTGCCGCTATTCTCTATTGAAAAGATCTTCGATCCCGCTCGAAATCCACCCGATCAAGCAGACCGAATTGCGCGAAAGGGGGGTTTATTGGCGGGAAAGGGGGAAATTGGAGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772756.1
MPNSVAEPHHSNGVAANNSDPKSSNGTVSRKPFKIFIGYDPREDLAYEVCRYSLLKRSSIPLEIHPIKQTELRERGVYWRERGKLESTEFSFSRFLTPFLANFEGWAVFVDCDFLYLADINELFQLIDEKYAIMCVQHDYAPKETTKMDGAVQTVYPRKNWSSMVVYNCSHPKNRELTPEVVNKETGAFLHRFQWLEDGEIGEIPFVWNFLVGHNRVVEGDWSTYPKAIHYTLGGPWFEQWKDCEFGDLWLKELEEMRKD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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