Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001057`

染色体: Chr07 坐标: 7718224-7719592 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001057`
名称	SmilChr07G001057
描述	auxin-responsive protein IAA17-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	7718224 - 7719592 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992227`
GeneID	`130992227`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992227`
原始查询	`SmilChr07G001057`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	auxin-responsive protein IAA17-like
产物	auxin-responsive protein IAA17-like
Arabidopsis	`AT1G04250` (AXR3) AUX/IAA transcriptional regulator family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839568] identity=51.9; qcov=1.08; evalue=2.57e-68; confidence=high
Rice	`Os01g0178500` (OsIAA1) - identity=69.4; qcov=0.62; evalue=1.35e-59; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF02309 (AUX_IAA)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992227

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057772758.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057772758.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057772758.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057772758.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057772758.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:7719034`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A1,D6
`Chr7:7719386`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B56,B8,B96,C26,C53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772758.1

200 aa

100

200

AUX_IAA

PF02309 AUX_IAA 19-89 aa PF02309 AUX_IAA 89-191 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057772758.1`	Pfam	`PF02309`	AUX_IAA	Family	19	89	1.5e-64	218.6	AUX/IAA family
`XP_057772758.1`	Pfam	`PF02309`	AUX_IAA	Family	89	191	1.5e-64	218.6	AUX/IAA family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057916775.1
TCACTCTTCTCTCATCCCAATCTCAAAAGCAACAAAAACTAAAAAGAAAAATAACACGCAAAGCAGTTGAACCCAAAATAGTCAAAACTTTTCTTCCTGTTCAGACAGCGGAAAATGTCAACGGAAATAGGAAGCGCTCTGTCGGAAATGGAATATTCCGGCTGCCTGAAAACGGAGCTTACGTTGGGCTTACCTGGCGGTGGAGGCGCGGCGGCGGCGCCCAAGTCCGGGTCCAAGCGCGGATTTGGTGAACTGGTGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992227
ATGTCAACGGAAATAGGAAGCGCTCTGTCGGAAATGGAATATTCCGGCTGCCTGAAAACGGAGCTTACGTTGGGCTTACCTGGCGGTGGAGGCGCGGCGGCGGCGCCCAAGTCCGGGTCCAAGCGCGGATTTGGTGAACTGGTGGATTTGAAACTGGGTGCGAGTTGCGATCGTGACGAAGTTAGTGTCTCAACACCGCCTCCGGCCAAGGCACAAGTTGTGGGGTGGCCACCGGTGAGATCGTACAGAAAAAACATGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057772758.1
MSTEIGSALSEMEYSGCLKTELTLGLPGGGGAAAAPKSGSKRGFGELVDLKLGASCDRDEVSVSTPPPAKAQVVGWPPVRSYRKNMMKTCKYVKVAVDGAPYLRKVDLQNYSSYQQLLAALEDMFTCLTICNVMNERKIMDSANGTEYVPTYEDRDGDWMLVGDVPWKMFVESCKRVRLMKSSEAIGLAPKTSSKGLSIN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器