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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001065

染色体: Chr07 坐标: 7844832-7846946 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001065
名称SmilChr07G001065
描述uncharacterized SmilChr07G001065
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向7844832 - 7846946 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992235
GeneID130992235
locus_tag-
NCBI NameLOC130992235
原始查询SmilChr07G001065

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:6241332]; symbol=AT1G52343; hit=AT1G52343; species=arabidopsis; confidence=low
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:6241332]; symbol=AT1G52343; hit=AT1G52343; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT1G52343 (AT1G52343)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:6241332]
identity=28.4; qcov=1.03; evalue=8.42e-17; confidence=low
RiceOs01g0863400
-
identity=24.4; qcov=1.13; evalue=1.41e-09; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992235

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057772771.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057772771.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.60000 XP_057772771.1
4 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057772771.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772771.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:7845632 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B10,C83,D4
Chr7:7846590 A ATC 2bp_insertion frameshift_variant 124 A1,A10,A14,A16,A18,A2,A20,A23,A24,A25,A3,A4,A6,B10,B100,B103,B106,B108,B11,B113,B115,B119,B122,B123,B125,B128,B130,B134,B136,B137,B14,B140,B15,B16,B17,B18,B2,B20,B24,B25,B27,B28,B32,B33,B38,B39,B40,B42,B43,B44,B46,B48,B49,B5,B53,B54,B55,B58,B59,B60,B61,B63,B66,B67,B69,B7,B72,B73,B77,B79,B80,B85,B86,B87,B88,B90,B91,B92,B93,B94,B99,C10,C12,C13,C14,C16,C17,C18,C21,C23,C25,C26,C27,C28,C31,C33,C35,C36,C4,C40,C41,C44,C45,C48,C5,C50,C57,C59,C60,C61,C62,C7,C71,C72,C77,C78,C81,C86,C87,D11,D2,D5,D6,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916788.1
ATATATTTATATTTTTTGTATAATTAATTCATCGATAGTTAGATTTCTACAATAAAATAAGTTTTTTTTTTATTAAACTAACTAATTAATTAAGTTCAATAGTAGCTAGGGACAAAACCATTTTTTTTCCTTAAATAAAATACGAAAAGAGCAAGAGGATCAAGAATGCATGATTAGTCATTGCAACTCGAGACATTTCTGTGCAAATTAATCAATGACTACAAATTCACAATAGCCAAAAACATTTATGTAAAGGAATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992235
ATGGAGAAAGAACAGCGGAGGAGGAAGATAATCGCGCGGGGGACAGATCGCATGGCGCTGATAACGGGTCGGATCAACACACTGGATCCGGATCCGATTTCAAAGTGTTCTTCGTTTTCCGTCAACCGCCCAGATCTTCCTCCGCCGCAGCATGCCCGCTCATCATCCGAGCCTCTCTCAGCCAACGACCAAGCCTTCTTCCAATATGGTGGATGCGACGTTCCTAACATAAAAGCCAAACACGACCATGTTGAGGAAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772771.1
MEKEQRRRKIIARGTDRMALITGRINTLDPDPISKCSSFSVNRPDLPPPQHARSSSEPLSANDQAFFQYGGCDVPNIKAKHDHVEEASTAKDSRSRAAEVHKRDQKELAAALTSKNAHSSHRNYLSLLNPIINAQAINSSLSSSEDLRAICSALLGLVVVVFQIVYHYTVGKPKSLVAFRPLYMVALTDFLIVAVRLVPQVRTKKEEEPKYEDDDDNNLDGAVKLLELGLVLYQMFYAIFIDCSFYLVVVILGLALV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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