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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001067

染色体: Chr07 坐标: 7858052-7860420 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001067
名称SmilChr07G001067
描述trihelix transcription factor ENAP1-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向7858052 - 7860420 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992234
GeneID130992234
locus_tag-
NCBI NameLOC130992234
原始查询SmilChr07G001067

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述trihelix transcription factor ENAP1-like
产物trihelix transcription factor ENAP1-like
ArabidopsisAT3G24490 (AT3G24490)
Alcohol dehydrogenase transcription factor Myb/SANT-like family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822039]
identity=50.2; qcov=0.719; evalue=2.67e-80; confidence=high
RiceOs01g0718900
-
identity=35.8; qcov=0.674; evalue=1.01e-39; confidence=medium
GOGO:0000976 (transcription cis-regulatory region binding); GO:0005634 (nucleus)
KEGG-
PfamPF10545 (MADF_DNA_bdg); PF13837 (Myb_DNA-bind_4)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992234

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057772769.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772769.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772769.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057772769.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057772769.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:7858286 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B66,C33,C46,C83
Chr7:7858583 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118
Chr7:7858793 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B97,C32,C37,C68,C8
Chr7:7859224 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr7:7859321 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C32,C68,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772769.1
377 aa
N
1
188
377
Myb_DNA-bind_4
MADF_DNA_bdg
C
PF13837 Myb_DNA-bind_4 145-229 aa PF10545 MADF_DNA_bdg 165-227 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772769.1 Pfam PF13837 Myb_DNA-bind_4 Domain 145 229 5.9e-21 75.4 Myb/SANT-like DNA-binding domain
XP_057772769.1 Pfam PF10545 MADF_DNA_bdg Domain 165 227 0.00012 23.1 Alcohol dehydrogenase transcription factor Myb/SANT-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916786.1
ATGGAATCTCTTTAGGTTTGAATGTTATAATTAATAATCCAATCTCAAATAGTCAGTAGAACTCTCTCTCTCTCTCTCCGTACGCAAAAGAATTGGGCCCAAGACCGTGAGAAGGTGCCAAGTATAGCGAGCGCATTCCCGGCGCATTCTAGCAACGGCCACTTCACATTACGTCCTCGGCCATTCTACCCCAAAAAGATGCGTCTTTGTCCACTTTCTCTCCCCAACGCAACAAAATCCTTGTCAAATTTCTCAGTTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992234
ATGATGGATGATGAGGATGATGTTACTTACCGTTCCGATACTTACACCGCGAATGGCCAAAAGTTCCCGGTCGAAAATGCCAGCTATCCTCGAGATGTTGGCAATTCGTATGGAGAAGATGATGACAATGATGACGACGATGATGAAGAAGATGACGAGAAGGCAATAAACGATGTAGATGACGAAGATGAGGATGATGATGACGATGATGATGGAGGTAATGGTGTTCAAAGGATAAGTAACAATGAGTATGAGTATGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772769.1
MMDDEDDVTYRSDTYTANGQKFPVENASYPRDVGNSYGEDDDNDDDDDEEDDEKAINDVDDEDEDDDDDDDGGNGVQRISNNEYEYGDEDDNNDDDNGDQQRHPKKRKLKNLISSYEFAPRLPAPPPAAPSAPKPSYGGRNPLTDWTEHETLVLLDAWGDRFLKHGRKSLRSEEWQEVAEKVSQGSKIERTDTQCRNRLDTLKKKYKKEKMKFGDSGSEWVYFKKIDALLSSSQVQQTGLSCGIDSGEYVFMNPKVYLNR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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