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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001083

染色体: Chr07 坐标: 7928740-7931572 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001083
名称SmilChr07G001083
描述uncharacterized SmilChr07G001083
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向7928740 - 7931572 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992255
GeneID130992255
locus_tag-
NCBI NameLOC130992255
原始查询SmilChr07G001083

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os02g0802400; species=rice; confidence=high
产物hit=Os02g0802400; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT3G18430 (AT3G18430)
Calcium-binding EF-hand family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821372]
identity=75.4; qcov=1; evalue=1.2e-97; confidence=high
RiceOs02g0802400
-
identity=72; qcov=1; evalue=4.19e-98; confidence=high
GOGO:0005509 (calcium ion binding)
KEGG-
PfamPF13405 (EF-hand_6); PF13499 (EF-hand_7); PF13833 (EF-hand_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992255

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057772790.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057772790.1
3 Cell projection 细胞突起 0.40000 XP_057772790.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772790.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772790.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772790.1
175 aa
N
1
88
175
EF-hand_8
EF-hand_7
EF-hand_6
C
PF13833 EF-hand_8 78-122 aa PF13499 EF-hand_7 94-160 aa PF13405 EF-hand_6 96-123 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772790.1 Pfam PF13833 EF-hand_8 Domain 78 122 2.5e-07 31.1 EF-hand domain pair
XP_057772790.1 Pfam PF13499 EF-hand_7 Domain 94 160 7.3e-12 46.2 EF-hand domain pair
XP_057772790.1 Pfam PF13405 EF-hand_6 Domain 96 123 2.7e-11 42.8 EF-hand domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916807.1
TCCAAGGCTAACTCGAAAGTCGAAACTAATTTACGTGAAGCTATCTAGATTGAAGACATTCGATGGAGCCTAAATTTGTCTGATCCAATCAACTACTTCCCGATAAACATAAAATTCCTCGCCACCTTCAACAAACAAACAAATCTTTCTTTTCTGGGCTGCGGTGATGACTAAGCAGTCTCAATCCACTTTTCCATTTTAATCCAACCAAATTTCTCAATACTCTTATCTCTTTTATCTCTTTTTATTTCACTCTCATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992255
ATGGGGAGTGCGTCATCGGTATTGACTCAGTATGATATTGAAGAAGTTCAAGAACACTGTAATCATCTATTTACTCAGCAAGAAATAGTGTCTCTGTACAAAAGATTTTGCCAACTAGATAGGAATTCCAAAGGGTTCATATCAACTGATGAGTTCTTATCTGTACCTGAGTTTGCAATGAATCCACTTTCTCAGAGGTTGCTTAAAATGGCAGATGGGCTGAATTTCAAGGACTTTGTTGCATTCTTGTCTGCTTTCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772790.1
MGSASSVLTQYDIEEVQEHCNHLFTQQEIVSLYKRFCQLDRNSKGFISTDEFLSVPEFAMNPLSQRLLKMADGLNFKDFVAFLSAFSAKATVPQKIEIIFKVYDSDCNGKVTFKDLIEVLQDLSGTFISDKQREEVLSQLLQEAGYTKESSLLLDDFVKILEHPGLKMEVEIPVD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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