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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001085

染色体: Chr07 坐标: 7950204-7951829 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001085
名称SmilChr07G001085
描述uncharacterized SmilChr07G001085
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向7950204 - 7951829 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993776
GeneID130993776
locus_tag-
NCBI NameLOC130993776
原始查询SmilChr07G001085

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
产物hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs03g0439900
-
identity=27.6; qcov=0.49; evalue=2.7e-24; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF03732 (PEG10_N-capsid)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993776

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057774797.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057774797.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057774797.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057774797.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774797.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:7950251 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B55
Chr7:7950283 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr7:7950344 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B36,B69,C84,D6
Chr7:7950427 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B138,C71
Chr7:7950440 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B138,B96,C50,C71
Chr7:7950571 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr7:7950575 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B23,B4,D3
Chr7:7950601 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B23,B4,D3
Chr7:7950651 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B106
Chr7:7950659 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C67
Chr7:7950665 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B15,B64,C31,C5,D4
Chr7:7950705 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B31,B56,B6,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774797.1
541 aa
N
1
270
541
PEG10_N-capsid
C
PF03732 PEG10_N-capsid 8-82 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774797.1 Pfam PF03732 PEG10_N-capsid Domain 8 82 8.2e-12 46.0 Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918814.1
ATGCCGAGGAAGTTCAACTTCCCCCACATGAAGATGTTTGATGGCGCGTCTGACCCAGACGACCATATCGCCCAATATCGACAGAGGATGTTCACCGTGGCCATCCCTCGTGACATGAGGGAGGCCTGCATGTGTAAGGGGTTCGGTTCTAGTCTAATAGGACCGGCCCTCAAGTGGTATACGAATCTCCCGAATAACTCTATTAGCTCTTTTGCCCAACTAACTGATGTTTTTGTCCAACAGTATGCAAGTAGCAGAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993776
ATGCCGAGGAAGTTCAACTTCCCCCACATGAAGATGTTTGATGGCGCGTCTGACCCAGACGACCATATCGCCCAATATCGACAGAGGATGTTCACCGTGGCCATCCCTCGTGACATGAGGGAGGCCTGCATGTGTAAGGGGTTCGGTTCTAGTCTAATAGGACCGGCCCTCAAGTGGTATACGAATCTCCCGAATAACTCTATTAGCTCTTTTGCCCAACTAACTGATGTTTTTGTCCAACAGTATGCAAGTAGCAGAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774797.1
MPRKFNFPHMKMFDGASDPDDHIAQYRQRMFTVAIPRDMREACMCKGFGSSLIGPALKWYTNLPNNSISSFAQLTDVFVQQYASSRKLEKISEDLYVIVQRHGEPLRDYIGRFNKEKVSITNCSEQTAVTAFRKGLLLGSDLYKTLTKYPCKTMEDVLIQAWAQIKWEEDQYNMQRVFPPSRPERDHRVDRRSGRDRRAEPYPPYRQSRGRDEYDRAPDTRPREKAKIPEYALSISPAEAVEALRNLGNKVKWPERMRAP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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