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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001088

染色体: Chr07 坐标: 7985576-8000782 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001088
名称SmilChr07G001088
描述protein REDUCED CHLOROPLAST COVERAGE 3
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向7985576 - 8000782 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992261
GeneID130992261
locus_tag-
NCBI NameLOC130992261
原始查询SmilChr07G001088

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein REDUCED CHLOROPLAST COVERAGE 3
产物protein REDUCED CHLOROPLAST COVERAGE 3
ArabidopsisAT1G15290 (AT1G15290)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838097]
identity=51.4; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0645100 (FLO2)
-
identity=50.9; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006996 (organelle organization)
KEGG-
PfamPF12807 (eIF3_p135); PF13374 (TPR_10); PF13424 (TPR_12); PF15044 (CLU_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992261

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 0.40000 XP_057772797.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057772797.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057772797.1
4 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057772797.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772797.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:7985941 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr7:7986033 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:7986064 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B75,C23
Chr7:7986125 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr7:7986196 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B39
Chr7:7986291 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B51,C39,C71
Chr7:7987025 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118
Chr7:7987209 A ACT 2bp_insertion frameshift_variant 151 A1,A10,A11,A13,A14,A15,A16,A18,A2,A20,A21,A24,A25,A4,A5,A6,A7,A9,B1,B100,B101,B103,B104,B105,B107,B108,B11,B110,B111,B112,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B124,B125,B126,B127,B128,B130,B131,B133,B135,B136,B138,B140,B16,B19,B2,B21,B22,B23,B25,B29,B3,B34,B36,B37,B4,B40,B41,B45,B47,B48,B49,B5,B50,B51,B52,B53,B56,B6,B61,B62,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B75,B78,B79,B8,B80,B81,B84,B85,B88,B89,B9,B91,B93,B95,B96,B97,C10,C16,C18,C2,C23,C25,C26,C29,C3,C31,C32,C33,C39,C40,C43,C44,C46,C48,C49,C5,C50,C53,C58,C6,C60,C62,C64,C65,C66,C68,C70,C71,C72,C74,C75,C76,C78,C83,C84,C85,C87,C9,D1,D2,D4,D5,D7,D9
Chr7:7987307 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,B131
Chr7:7987370 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,B103,B118,C74
Chr7:7987382 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 4 B110,B140,C32,D2
Chr7:7987382 CT C 1bp_deletion CDS_variant 4 B110,B140,C32,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772797.1
1687 aa
N
1
844
1687
CLU_N
eIF3_p135
TPR_12
TPR_10
TPR_12
TPR_10
TPR_12
C
PF15044 CLU_N 48-119 aa PF12807 eIF3_p135 705-792 aa PF13424 TPR_12 879-942 aa PF13374 TPR_10 911-952 aa PF13424 TPR_12 911-981 aa PF13374 TPR_10 995-1035 aa PF13424 TPR_12 995-1069 aa
XP_057772798.1
1687 aa
N
1
844
1687
CLU_N
eIF3_p135
TPR_12
TPR_10
TPR_12
TPR_10
TPR_12
C
PF15044 CLU_N 48-119 aa PF12807 eIF3_p135 705-792 aa PF13424 TPR_12 879-942 aa PF13374 TPR_10 911-952 aa PF13424 TPR_12 911-981 aa PF13374 TPR_10 995-1035 aa PF13424 TPR_12 995-1069 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772797.1 Pfam PF15044 CLU_N Family 48 119 2.4e-06 28.6 Mitochondrial function, CLU-N-term
XP_057772797.1 Pfam PF12807 eIF3_p135 Family 705 792 6.8e-27 95.4 Translation initiation factor eIF3 subunit 135
XP_057772797.1 Pfam PF13424 TPR_12 Repeat 879 942 8.2e-29 100.3 Tetratricopeptide repeat
XP_057772797.1 Pfam PF13374 TPR_10 Repeat 911 952 1.7e-23 82.5 Tetratricopeptide repeat
XP_057772797.1 Pfam PF13424 TPR_12 Repeat 911 981 8.2e-29 100.3 Tetratricopeptide repeat
XP_057772797.1 Pfam PF13374 TPR_10 Repeat 995 1035 1.7e-23 82.5 Tetratricopeptide repeat
XP_057772797.1 Pfam PF13424 TPR_12 Repeat 995 1069 8.2e-29 100.3 Tetratricopeptide repeat
XP_057772798.1 Pfam PF15044 CLU_N Family 48 119 2.4e-06 28.6 Mitochondrial function, CLU-N-term
XP_057772798.1 Pfam PF12807 eIF3_p135 Family 705 792 6.8e-27 95.4 Translation initiation factor eIF3 subunit 135
XP_057772798.1 Pfam PF13424 TPR_12 Repeat 879 942 8.2e-29 100.3 Tetratricopeptide repeat
XP_057772798.1 Pfam PF13374 TPR_10 Repeat 911 952 1.7e-23 82.5 Tetratricopeptide repeat
XP_057772798.1 Pfam PF13424 TPR_12 Repeat 911 981 8.2e-29 100.3 Tetratricopeptide repeat
XP_057772798.1 Pfam PF13374 TPR_10 Repeat 995 1035 1.7e-23 82.5 Tetratricopeptide repeat
XP_057772798.1 Pfam PF13424 TPR_12 Repeat 995 1069 8.2e-29 100.3 Tetratricopeptide repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916815.1
TGTATCGTTTGAAGAGAGAAGAGAGAGAAGTGAGACAAGTGACTGTGTGTGTTTGTTGAGAGAGAGAGAGAGAGTCCTGTGTGGGGGATAGATAATCAGGAGAAAGCAAGAAGGAGAGGCCACAATTTATTTAACAAAATCCTCATCATATCCAAAGACTGAAAAAAAACAAAGTAAATAAGGATTTGAAGAAAAAGATTTGCAGAGAGAATGGCCCCAAGGTCAAGTAGGAGCAAGGGAAACAAAGCCAAGAATGAGAA...
XM_057916814.1
AAAACCCCCTTATCTCAATCTATCTTCTCCCAAACCTTCACCACTTTTCTATATCTCCTAAACTTTGCCTTTGCTCTTCTAAATCTCCTCTCCCTTTTCCCCCTTTTTGCATGGTTTCTTAGCTTCTTCTCCCATAAAACAAACTCACTTTTTAATTTTAATCTTCTTTTTTCTTTGGAGTTTCATATAGCTTTGGATTTAACCTATTAATCGCCTTTTATTTAGACTGAAAAAAAACAAAGTAAATAAGGATTTGAAGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130992261
ATGGCCCCAAGGTCAAGTAGGAGCAAGGGAAACAAAGCCAAGAATGAGAAGAAGAAGAAAGAAGAGAAAGTTGTACCAAGTGTTGTTGACATAGCTGTCATCACCCCATACGAAACTCAAGTTGTGCTCAAGGGCATATCGACTGATAAGATACTGGATGTGAAGAAGCTTTTGGCAGTTAATGTTGAAACATGCCACCTGACACAGTATTCTCTCTCTCATGAGGTTAAAGGCCACAAATTGAATGATAAGTTGGAGGT...
LOC130992261
ATGGCCCCAAGGTCAAGTAGGAGCAAGGGAAACAAAGCCAAGAATGAGAAGAAGAAGAAAGAAGAGAAAGTTGTACCAAGTGTTGTTGACATAGCTGTCATCACCCCATACGAAACTCAAGTTGTGCTCAAGGGCATATCGACTGATAAGATACTGGATGTGAAGAAGCTTTTGGCAGTTAATGTTGAAACATGCCACCTGACACAGTATTCTCTCTCTCATGAGGTTAAAGGCCACAAATTGAATGATAAGTTGGAGGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057772797.1
MAPRSSRSKGNKAKNEKKKKEEKVVPSVVDIAVITPYETQVVLKGISTDKILDVKKLLAVNVETCHLTQYSLSHEVKGHKLNDKLEVVGLKPCLLRMVEEDYTDESRAVSHVRRLLDIVACTTRFAKPKGGGGGGGAESRPKKSKVQQSTAVPARQDGESRLPETTQSVVSGNYEMVAIHPIPKLSDFYEFFSLSHLSPPILHLKRVESKDGETRRDGDYFEMQIKICNGKIIQVMASAKGFYTLGKQYLQNHSLVDLLQ...
XP_057772798.1
MAPRSSRSKGNKAKNEKKKKEEKVVPSVVDIAVITPYETQVVLKGISTDKILDVKKLLAVNVETCHLTQYSLSHEVKGHKLNDKLEVVGLKPCLLRMVEEDYTDESRAVSHVRRLLDIVACTTRFAKPKGGGGGGGAESRPKKSKVQQSTAVPARQDGESRLPETTQSVVSGNYEMVAIHPIPKLSDFYEFFSLSHLSPPILHLKRVESKDGETRRDGDYFEMQIKICNGKIIQVMASAKGFYTLGKQYLQNHSLVDLLQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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