Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001091`

染色体: Chr07 坐标: 8027193-8030686 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001091`
名称	SmilChr07G001091
描述	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 8-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	8027193 - 8030686 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992265`
GeneID	`130992265`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992265`
原始查询	`SmilChr07G001091`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 8-like
产物	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 8-like
Arabidopsis	`AT1G80010` (FRS8) FAR1-related sequence 8 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844341] identity=54.2; qcov=0.822; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0608300` - identity=35.5; qcov=0.796; evalue=1.2e-125; confidence=medium
GO	GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF03101 (FAR1); PF04434 (SWIM); PF10551 (MULE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992265

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057772805.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057772805.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057772805.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057772805.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057772805.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:8027413`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr7:8028329`	`GAA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	4	A25,B113,B130,C18
`Chr7:8028329`	`GAA`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	4	A25,B113,B130,C18
`Chr7:8028445`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C23
`Chr7:8028539`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B11,B17,C21,C67
`Chr7:8028571`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B8,B93,C53
`Chr7:8028603`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr7:8028624`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A16,A3,D5
`Chr7:8028660`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B8,C33,C46,C53
`Chr7:8028742`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B137,B91,C85
`Chr7:8028862`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B137,B91,C85
`Chr7:8029063`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B93

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772805.1

775 aa

388

775

FAR1

MULE

SWIM

PF03101 FAR1 168-250 aa PF10551 MULE 371-459 aa PF04434 SWIM 665-690 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057772805.1`	Pfam	`PF03101`	FAR1	Domain	168	250	3.7e-23	82.8	FAR1 DNA-binding domain
`XP_057772805.1`	Pfam	`PF10551`	MULE	Domain	371	459	2.3e-25	89.5	MULE transposase domain
`XP_057772805.1`	Pfam	`PF04434`	SWIM	Domain	665	690	0.00046	20.4	SWIM zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057916822.1
GCCCCAGGAAACAAATTCTGATTTTGGTAGTTGGAAAAAATTGGAAAGACCTGAAAATGCAAGGGCCTACAAATAAAATAACTGATGAGCTACGGAAAAGATACTAACCTCTCAGACTTTGACGCAACCAGACGTCAACCTCTCCTCCACCAATGGCCGACGCCGCCGTCTTATCTCCCGCCGGTGACGGCCTATCGTCTAATTCCGGCATCGAAATTACCGTGGATGAAACTTCTGAAAACAGTGAAGAACTGCTGGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992265
ATGGCCGACGCCGCCGTCTTATCTCCCGCCGGTGACGGCCTATCGTCTAATTCCGGCATCGAAATTACCGTGGATGAAACTTCTGAAAACAGTGAAGAACTGCTGGATGAAGGAGTGGAAGGCTTCAAGATTGAAGCCCCTGATCTTCGAACTGAAGACAGCAAAATGCTTAAACTCAAGAGCAATGATCTTGAGAATGCCATTCAACAAGTGCTTGGAATTGGAAGAGCTGACCTTGAGAATGATGGCAAGCAGGTGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057772805.1
MADAAVLSPAGDGLSSNSGIEITVDETSENSEELLDEGVEGFKIEAPDLRTEDSKMLKLKSNDLENAIQQVLGIGRADLENDGKQVLGIHNVDLQDESENVLEFERNGHESNREKMLEIRSNDRDSSSDQMLGITGNEAGAQNDHTLGKSYLPPVEGMEFESYDDAYNYYNCYAKELGFGIRVKSSWKKRNSKEKRGAVLCCNCEGFKTMKEACTRRKETRTGCLAMIRLRLVESNRWRLDEVKLEHNHLFDHQKAQNSR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器