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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001093

染色体: Chr07 坐标: 8034953-8036060 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001093
名称SmilChr07G001093
描述checkpoint protein hus1
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向8034953 - 8036060 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992267
GeneID130992267
locus_tag-
NCBI NameLOC130992267
原始查询SmilChr07G001093

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述checkpoint protein hus1
产物checkpoint protein hus1
ArabidopsisAT1G52530 (AT1G52530)
Hus1-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841684]
identity=64.2; qcov=1.01; evalue=1.24e-150; confidence=high
RiceOs04g0528400 (OsHUS1)
-
identity=55.8; qcov=1.04; evalue=2.45e-132; confidence=high
GOGO:0000723 (telomere maintenance); GO:0000724 (double-strand break repair via homologous recombination); GO:0005730 (nucleolus); GO:0006289 (nucleotide-excision repair); GO:0030896 (checkpoint clamp complex); GO:0031573 (mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling); GO:0033314 (mitotic DNA replication checkpoint signaling); GO:0035861 (site of double-strand break); GO:0044778 (meiotic DNA integrity checkpoint signaling)
KEGG-
PfamPF04005 (Hus1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992267

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057772807.1
2 Chromosome 染色体 1.00000 XP_057772807.1
3 Nucleoplasm 核质 0.60000 XP_057772807.1
4 Centromere 着丝粒 0.20000 XP_057772807.1
5 PML body PML body 0.20000 XP_057772807.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:8035125 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr7:8036028 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,C72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772807.1
314 aa
N
1
157
314
Hus1
C
PF04005 Hus1 1-293 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772807.1 Pfam PF04005 Hus1 Family 1 293 5.9e-65 219.9 Hus1-like protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916824.1
ATGAAATTCAAAGCCTTCCTCACAGAAAACGGCATCAACCTCCTGGAGAAACGGATCCTACCCGCCCTGGACAAAATGGGGCGGGTCTGCCACCTTTACCTGACCCGCGACCACGCCTTCTTCCTCCACAACCTCCTCTCCGCCGACGGCGTCCACTCCGTCGCCCAATTCAGCAAGGAATCCCTCTTCCACGACTACCGCATCTCCAGCAACAACGATGACCGCATCGCCTTCTCCGTCGACCTCTCCCTCCTCCACCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992267
ATGAAATTCAAAGCCTTCCTCACAGAAAACGGCATCAACCTCCTGGAGAAACGGATCCTACCCGCCCTGGACAAAATGGGGCGGGTCTGCCACCTTTACCTGACCCGCGACCACGCCTTCTTCCTCCACAACCTCCTCTCCGCCGACGGCGTCCACTCCGTCGCCCAATTCAGCAAGGAATCCCTCTTCCACGACTACCGCATCTCCAGCAACAACGATGACCGCATCGCCTTCTCCGTCGACCTCTCCCTCCTCCACCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772807.1
MKFKAFLTENGINLLEKRILPALDKMGRVCHLYLTRDHAFFLHNLLSADGVHSVAQFSKESLFHDYRISSNNDDRIAFSVDLSLLHRALRSVLAIRDANSNALLIKLVKKLPPNSTQATPFLTFEARGHKSAVVQDVPVSKPLSRADVHELHLAVESCEQLPATLVMAPELNSLHNFVDGMKHVGDVMGVSVSKYGDLHLQISTSLISLGAEFRKLRVLGERADPVAEDEGVSAQIRAERGVQRGDAMSVQVSVKHFFKS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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