Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001094

染色体: Chr07 坐标: 8055971-8062178 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001094
名称SmilChr07G001094
描述PX domain-containing protein EREL2-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向8055971 - 8062178 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992268
GeneID130992268
locus_tag-
NCBI NameLOC130992268
原始查询SmilChr07G001094

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述PX domain-containing protein EREL2-like
产物PX domain-containing protein EREL2-like
ArabidopsisAT4G32160 (AT4G32160)
Phox (PX) domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829348]
identity=39.6; qcov=1.05; evalue=3.02e-143; confidence=medium
RiceOs06g0643000
-
identity=53.6; qcov=0.36; evalue=3.09e-63; confidence=low
GOGO:0015031 (protein transport); GO:0035091 (phosphatidylinositol binding)
KEGG-
PfamPF00787 (PX)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992268

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endosome 内体 0.60000 XP_057772808.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057772810.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.40000 XP_057772810.1
4 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.40000 XP_057772808.1
5 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057772814.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:8056305 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C33,C46
Chr7:8056382 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,C73
Chr7:8056391 TAG T 2bp_deletion frameshift_variant 1 C69
Chr7:8056391 TAG T 2bp_deletion CDS_variant 1 C69
Chr7:8057425 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,B110,B80
Chr7:8058008 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,B72
Chr7:8058303 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23
Chr7:8058853 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr7:8059118 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B7
Chr7:8059123 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B7
Chr7:8059251 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C33,C46
Chr7:8059286 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B38,B39,B5,C17,C58

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772808.1
764 aa
N
1
382
764
PX
C
PF00787 PX 138-213 aa
XP_057772809.1
761 aa
N
1
380
761
PX
C
PF00787 PX 138-213 aa
XP_057772810.1
728 aa
N
1
364
728
PX
C
PF00787 PX 138-213 aa
XP_057772812.1
725 aa
N
1
362
725
PX
C
PF00787 PX 138-213 aa
XP_057772813.1
725 aa
N
1
362
725
PX
C
PF00787 PX 138-213 aa
XP_057772814.1
689 aa
N
1
344
689
PX
C
PF00787 PX 138-213 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772808.1 Pfam PF00787 PX Domain 138 213 3.4e-12 47.4 PX domain
XP_057772809.1 Pfam PF00787 PX Domain 138 213 3.4e-12 47.5 PX domain
XP_057772810.1 Pfam PF00787 PX Domain 138 213 3.1e-12 47.6 PX domain
XP_057772812.1 Pfam PF00787 PX Domain 138 213 3.2e-12 47.5 PX domain
XP_057772813.1 Pfam PF00787 PX Domain 138 213 3.1e-12 47.6 PX domain
XP_057772814.1 Pfam PF00787 PX Domain 138 213 2.9e-12 47.7 PX domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916825.1
GAGAAGCTTATTATCCCAATTTATTTATAAAGAAAGTAAAACGAGCGGAATGAAATTAAATTAAAAAAAAAGTTAAAAACAAATAAAAATTTCGGGACACTTTTGCTATTATTATTCAGAATATTGGGGTTTAATTTGAAATACCCAAAAGTACAGGGAGCCTTTTGCAATTTTTCCAAAGTCTCTGTCGACTTCTCACACCTGACCTGACCTGTTGACAAGCATTTCTACTCTTCGAAGCAGCTCAGCTCGTCATCAAG...
XM_057916826.1
GAGAAGCTTATTATCCCAATTTATTTATAAAGAAAGTAAAACGAGCGGAATGAAATTAAATTAAAAAAAAAGTTAAAAACAAATAAAAATTTCGGGACACTTTTGCTATTATTATTCAGAATATTGGGGTTTAATTTGAAATACCCAAAAGTACAGGGAGCCTTTTGCAATTTTTCCAAAGTCTCTGTCGACTTCTCACACCTGACCTGACCTGTTGACAAGCATTTCTACTCTTCGAAGCAGCTCAGCTCGTCATCAAG...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC130992268
ATGAATCTATACGGACTCGATAGCTCGCTCTTCGAATTTGGCTTCAACGACCCATCTCTCATCGAGTCGATTTCGAGCTCCCACTCGATGATCACCGATAGAAGATACATAGAGAGAGAGGAAGATAATTTACTCAAACTTTCGAATTCAATCTTGAAAAATATCAAGAGGGCTAGCAGTCCGCCAAAGCACCGTCACGACGGCACTTCGCCGCTGCCTCTCGGAATGGATTGGAGCCCTCCTCCTCGCAATTGGGGTGG...
LOC130992268
ATGAATCTATACGGACTCGATAGCTCGCTCTTCGAATTTGGCTTCAACGACCCATCTCTCATCGAGTCGATTTCGAGCTCCCACTCGATGATCACCGATAGAAGATACATAGAGAGAGAGGAAGATAATTTACTCAAACTTTCGAATTCAATCTTGAAAAATATCAAGAGGGCTAGCAGTCCGCCAAAGCACCGTCACGACGGCACTTCGCCGCTGCCTCTCGGAATGGATTGGAGCCCTCCTCCTCGCAATTGGGGTGG...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057772808.1
MNLYGLDSSLFEFGFNDPSLIESISSSHSMITDRRYIEREEDNLLKLSNSILKNIKRASSPPKHRHDGTSPLPLGMDWSPPPRNWGGVNTIWPHDFHTGWSYCVTVPSWSMLAESRGSELVVFYRVQVGLQSPEGATSTRGVLRRFSDFLKLSSDLKQSFRNKKFPPAPPKGLLRMKNRTLLEERRCFLEEWMSQVLSDIDVSRSVPVACFLELEAAARSSFRESSHDEVGLSCKSSSSSDPISSQNDISVAPGTSAWAS...
XP_057772809.1
MNLYGLDSSLFEFGFNDPSLIESISSSHSMITDRRYIEREEDNLLKLSNSILKNIKRASSPPKHRHDGTSPLPLGMDWSPPPRNWGGVNTIWPHDFHTGWSYCVTVPSWSMLAESRGSELVVFYRVQVGLQSPEGATSTRGVLRRFSDFLKLSSDLKQSFRNKKFPPAPPKGLLRMKNRTLLEERRCFLEEWMSQVLSDIDVSRSVPVACFLELEAAARSSFRESSHDEVGLSCKSSSSSDPISSQNDISVAPGTSAWAS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器