当前解析结果
SmilChr07G001106| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001106 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001106 |
| 描述 | SNF1-related protein kinase regulatory subunit gamma-like PV42a |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 8170978 - 8173076 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130992281 |
|---|---|
| GeneID | 130992281 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992281 |
| 原始查询 | SmilChr07G001106 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | SNF1-related protein kinase regulatory subunit gamma-like PV42a |
| 产物 | SNF1-related protein kinase regulatory subunit gamma-like PV42a |
| Arabidopsis | AT1G15330 (AT1G15330)Cystathionine beta-synthase (CBS) protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838102] identity=53.85; qcov=0.978; evalue=5.0e-131; confidence=high |
| Rice | Os02g0158900 (OsCBSX9)- identity=51.44; qcov=0.967; evalue=8.88e-110; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00571 (CBS) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992281 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | 五折投票比例 | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057772829.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057772829.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:8171164 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr7:8171167 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C5,C71 |
Chr7:8171272 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B93,C71 |
Chr7:8171389 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A4,B13 |
Chr7:8171904 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr7:8172552 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B91 |
Chr7:8172673 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B12,B55 |
Chr7:8172701 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B12,B55 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772829.1PF00571
CBS 306-355 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772829.1 |
Pfam | PF00571 |
CBS | Domain | 306 | 355 | 5.8e-17 | 62.5 | CBS domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。