Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001116`

染色体: Chr07 坐标: 8271425-8278656 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001116`
名称	SmilChr07G001116
描述	DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 9A-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	8271425 - 8278656 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992290`
GeneID	`130992290`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992290`
原始查询	`SmilChr07G001116`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 9A-like
产物	DNA-directed RNA polymerases II%2C IV and V subunit 9A-like
Arabidopsis	`AT3G16980` (NRPB9A) RNA polymerases M/15 Kd subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820954] identity=87.7; qcov=0.735; evalue=8.09e-76; confidence=high
Rice	`Os03g0102200` (SDRP) - identity=80.7; qcov=0.735; evalue=7.03e-71; confidence=high
GO	GO:0001193 (maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II); GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0003899 (DNA-directed RNA polymerase activity); GO:0005665 (RNA polymerase II, core complex); GO:0006283 (transcription-coupled nucleotide-excision repair); GO:0006351 (DNA-templated transcription); GO:0006367 (transcription initiation at RNA polymerase II promoter); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	smil03020 (RNA polymerase - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03420 (Nucleotide excision repair - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01096 (Zn_ribbon_TFIIS); PF02150 (Zn_ribbon_RPB9)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992290

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057772839.1`
2	Nucleoplasm	核质	1.00000	`XP_057772839.1`
3	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057772839.1`
4	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057772839.1`
5	Nuclear body	核内小体	0.20000	`XP_057772839.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:8271718`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	89	A1,A11,A13,A18,A22,A23,A25,A5,A9,B105,B107,B108,B109,B117,B118,B119,B120,B121,B127,B128,B129,B132,B135,B136,B15,B19,B21,B22,B24,B27,B3,B32,B37,B4,B40,B41,B44,B45,B46,B47,B52,B54,B57,B58,B59,B60,B62,B63,B69,B7,B71,B73,B82,B86,B87,B88,B9,B91,B99,C1,C13,C19,C22,C24,C26,C31,C34,C35,C38,C39,C40,C44,C49,C51,C52,C56,C59,C6,C62,C65,C74,C75,C79,C80,C81,C83,C9,D2,D6
`Chr7:8271767`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B10,B121
`Chr7:8272267`	`G`	`GAA`	2bp_insertion	frameshift_variant	79	A1,A11,A13,A23,A25,A5,A9,B105,B107,B108,B109,B117,B118,B119,B120,B121,B127,B128,B129,B132,B135,B136,B15,B19,B21,B22,B27,B3,B37,B4,B40,B41,B44,B45,B46,B47,B52,B57,B58,B59,B60,B62,B63,B69,B7,B71,B73,B86,B87,B88,B9,B91,B99,C1,C13,C19,C24,C26,C31,C34,C35,C38,C39,C40,C44,C49,C51,C52,C59,C6,C62,C65,C74,C75,C79,C80,C83,C9,D6
`Chr7:8272339`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B107,B112,B114,B5,C74
`Chr7:8272352`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B11,B17,B6,C21,C67
`Chr7:8278301`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C29
`Chr7:8278312`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C68
`Chr7:8278596`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	26	A1,A11,A25,B108,B109,B117,B118,B120,B132,B22,B3,B37,B4,B40,B47,B59,B63,B82,B88,C13,C31,C49,C52,C75,C83,C9
`Chr7:8278613`	`C`	`CAA`	2bp_insertion	frameshift_variant	23	A1,A11,A25,B108,B109,B117,B118,B120,B132,B22,B3,B37,B4,B40,B47,B63,B82,B88,C31,C52,C75,C83,C9
`Chr7:8278621`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	19	A1,A11,A25,B108,B109,B117,B118,B120,B132,B3,B4,B40,B47,B63,B88,C31,C52,C75,C9
`Chr7:8278634`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr7:8278652`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772839.1

155 aa

155

Zn_ribbon_RPB9

Zn_ribbon_TFIIS

PF02150 Zn_ribbon_RPB9 45-77 aa PF01096 Zn_ribbon_TFIIS 116-154 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057772839.1`	Pfam	`PF02150`	Zn_ribbon_RPB9	Domain	45	77	8.6e-12	45.4	RNA polymerases M/15 Kd subunit
`XP_057772839.1`	Pfam	`PF01096`	Zn_ribbon_TFIIS	Domain	116	154	1.6e-12	47.7	Transcription factor S-II (TFIIS)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057916856.1
GATGCGATGTGGGCCCAATAAACCGGCCCATAGATCCATTAAAGCTACTCCCAACTCCCAAGTTCCAGCTTCCAGCTTCGAACTCAAGCAGAGACGCAAACGAGAAAATTTCCCAACTTCCACCATGAGTACCATGAAATTTTGCCGCGAATGCAACAATATACTGTACCCGAAGGAAGACAAAGAGCAGAAGATTCTGCTTTATGCTTGCCGCAATTGTGATCATCAGGAGGTTGCTGATAACAATTGTGTTTATAGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992290
ATGCGATGTGGGCCCAATAAACCGGCCCATAGATCCATTAAAGCTACTCCCAACTCCCAAGTTCCAGCTTCCAGCTTCGAACTCAAGCAGAGACGCAAACGAGAAAATTTCCCAACTTCCACCATGAGTACCATGAAATTTTGCCGCGAATGCAACAATATACTGTACCCGAAGGAAGACAAAGAGCAGAAGATTCTGCTTTATGCTTGCCGCAATTGTGATCATCAGGAGGTTGCTGATAACAATTGTGTTTATAGAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057772839.1
MRCGPNKPAHRSIKATPNSQVPASSFELKQRRKRENFPTSTMSTMKFCRECNNILYPKEDKEQKILLYACRNCDHQEVADNNCVYRNEIHHSAGERTQVLQDVAADPTLPRTKSVRCANCGHGEAVFFQATARGEEGMTLFFVCCNPNCGNRWRD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器